在18年底的時(shí)候開(kāi)始在簡(jiǎn)書(shū)上陸續(xù)寫一些單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的文字，主要的文集就是這個(gè)《Single_Cell》。其主要內(nèi)容有：

• Seurat教程
• scanpy教程
• 空間數(shù)據(jù)分析
• 免疫組庫(kù)數(shù)據(jù)分析
• 細(xì)胞通訊
• 細(xì)胞類型鑒定
• 公開(kāi)課的ppt（以及其他單細(xì)胞課件）
• ATAC相關(guān)
• 10X文檔
• 綜述文章
• 個(gè)人寫的《XXX在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用》
• 以及個(gè)人做單細(xì)胞的一些體會(huì)

截止到2020年這個(gè)文集的文章已經(jīng)快三百篇了，很多朋友反饋找文章變得困難（即便是在百度對(duì)簡(jiǎn)書(shū)友好的條件下）。周老師也覺(jué)得林林總總的都放到一起不太好，加上單細(xì)胞這個(gè)領(lǐng)域不斷地細(xì)化，在單個(gè)細(xì)胞中承載的信息也越來(lái)越多。為了使文集結(jié)構(gòu)更加清晰，方便各位大佬查找交流，花點(diǎn)時(shí)間從這個(gè)文集中整理出一些子集是值得的。于是，我們把這個(gè)文集拆分為：

• Single_Cell：保留主要單細(xì)胞概念/綜述/ppt/個(gè)人體會(huì)
• 單細(xì)胞免疫組 ： 之前的和之后的單細(xì)胞免疫組數(shù)據(jù)分析
• 單細(xì)胞教程R ： 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析教程，主要是R語(yǔ)言境內(nèi)的，再主要是Seurat
• scRNA with python : 用python分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，主要是scanpy
• 空間分析：比如Seurat和scanpy的空間分析部分會(huì)放到這里

單細(xì)胞教程R 還想再分為 細(xì)胞類型注釋和細(xì)胞通訊的，考慮到還是要控制一下文集的數(shù)量的（目前在簡(jiǎn)書(shū)上建的文集已經(jīng)到40了），就沒(méi)有再分，帶來(lái)不便還請(qǐng)各位見(jiàn)諒。

下面分享一下我在分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)遇到問(wèn)題的時(shí)候，一般的處理方法

• 臨時(shí)問(wèn)題

比如我隱約記得周老師寫過(guò)Seurat教程，于是我百度：【周運(yùn)來(lái) 簡(jiǎn)書(shū) 單細(xì)胞 Seurat 】，于是有：

所以我的第一個(gè)希望就是，如果您想找群或者找周老師這個(gè)人向他提問(wèn)，希望您至少做過(guò)類似的檢索。檢索之后，特別是Google 之后，您會(huì)發(fā)現(xiàn)：不需要再找人問(wèn)了。檢索之后，就算你問(wèn)了周老師，他能做的很大概率上也是給您一個(gè)來(lái)鏈接：他老人家會(huì)的基本都寫出來(lái)了，本人留下的基本都是不會(huì)的了。

• 我想系統(tǒng)學(xué)習(xí)

那可以到報(bào)名哈佛公開(kāi)課啊，真的對(duì)周老師的經(jīng)驗(yàn)感興趣可以到這幾個(gè)文集下找文章（或ppt）來(lái)看。有不理解的地方，可以先記錄下，說(shuō)不定看著看著就理解了。當(dāng)您想發(fā)簡(jiǎn)信或者評(píng)論的時(shí)候，請(qǐng)先做上一條提到的檢索動(dòng)作。另外，切記，不管能不能得到周老師的解答，不要再簡(jiǎn)書(shū)上打賞，不要在簡(jiǎn)書(shū)上打賞，不要在簡(jiǎn)書(shū)上打賞，因?yàn)檫@樣會(huì)給周老師帶來(lái)壓力，而實(shí)際上他也得不到那些賞錢。

• 超越周運(yùn)來(lái)就是我

參見(jiàn)教程 || 超越周運(yùn)來(lái)就是我

不斷有朋友在簡(jiǎn)書(shū)留言，也有朋友在主頁(yè)的右上角找到周老師的個(gè)人微信，我能回復(fù)的基本都回復(fù)了。因?yàn)樾r(shí)候教室里貼著的總理的話言猶在耳：吾將公之天下，使四萬(wàn)萬(wàn)人共得而仆之。但是周老師當(dāng)不了那么多人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析私人顧問(wèn)，所以提問(wèn)一兩個(gè)問(wèn)題是歡迎的，如果希望周老師全程陪跑單細(xì)胞from Rawdata to CNS 是沒(méi)必要的也是不現(xiàn)實(shí)的。很多事是需要自己探索，他只能幫您到這了，更何況他的水平真的很一般！我知道我們希望所有的問(wèn)題都有人熱心地，免費(fèi)地，成體系地給予解答，一部分問(wèn)題需要實(shí)踐解決，一部分問(wèn)題需要經(jīng)驗(yàn)解決，一部分需要理論知識(shí)。而周老師有的只不過(guò)是經(jīng)驗(yàn)而已，請(qǐng)?jiān)徦臒o(wú)知，愚昧和乏味。讓周老師時(shí)刻都能感受到自己的微不足道吧，百年之后，沒(méi)有會(huì)記得這個(gè)可有可無(wú)之人。（這段話靈感來(lái)自某人，我回答了TA九十九次問(wèn)題，有一次我說(shuō)了不知道，就被說(shuō)成格局太小，能力不行，不夠用心。無(wú)可奈何，他的是需要神，而我不是^_）

還記的我們?cè)?a href="http://www.itdecent.cn/p/26544396a25f" target="_blank">學(xué)委談學(xué)習(xí)|| 學(xué)習(xí)如何學(xué)習(xí)中提到的嗎：學(xué)習(xí)有沖動(dòng)，依賴，獨(dú)立，協(xié)作四個(gè)階段，希望我們大家都能經(jīng)過(guò)那驚險(xiǎn)一躍。

畢竟不能指著復(fù)制粘貼發(fā)CNS吧？ 相信我，你并不孤獨(dú)。加油吧，科研人。