今天做的是一副《nature microbiology》的氣泡圖，圖比較簡(jiǎn)單，但是展示的內(nèi)容可以是各種，我暫時(shí)想的是---（1）可以用這個(gè)氣泡圖展示兩組變量的相關(guān)系數(shù)，相關(guān)性，氣泡大小表示相關(guān)大小。（2）基因或者蛋白之間的互作，點(diǎn)的大小代表互作的強(qiáng)弱。（3）受配體關(guān)系的展示。可能還是有更多的用處，發(fā)揮自己的想象，總有用武之地。

文章圖片如下：

image.png

（Reference：Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish）

就直接作圖吧，比較簡(jiǎn)單，之前我們做過(guò)很多氣泡圖，這個(gè)也不是難事！

setwd("E:/生物信息學(xué)/互作點(diǎn)圖")
A <- read.csv("相互點(diǎn)圖.csv", header = T,row.names = 1)
library(forcats)
A$B <- as.factor(A$B)
A$B <- fct_inorder(A$B)

library(ggplot2)
ggplot(A,aes(x=B,y= A,color=A)) + 
  geom_point(aes(size=Value)) +
  scale_size(rang = c(0,10)) +
  scale_x_discrete(position = "bottom" ,expand=c(0.2,0))+
  labs(x=NULL,y=NULL)+
  theme_bw()+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        panel.border = element_blank(),
        axis.text =element_text(size = 12, color = "black"),
        axis.ticks = element_blank())+
  scale_colour_manual(name ="other", values =c('#efb306',
                                               '#eb990c',
                                               '#e8351e',
                                               '#cd023d',
                                               '#852f88',
                                               '#4e54ac',
                                               '#0f8096'))+
  guides(color=F)

image.png

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