DrugBank數(shù)據(jù)庫(kù)是阿爾伯塔大學(xué)將詳細(xì)的藥物數(shù)據(jù)和全面的藥物目標(biāo)信息結(jié)合起來(lái)，結(jié)果都是有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的，真實(shí)可靠的生物信息學(xué)和化學(xué)信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
DrugBank的角色主要有兩個(gè)：
①臨床導(dǎo)向的藥品百科全書(shū)。DrugBank能夠提供關(guān)于藥品，藥品靶點(diǎn)和藥物作用的生物或生理結(jié)果的詳細(xì)、最新、定量分析或分子量的信息。
②化學(xué)導(dǎo)向的藥品數(shù)據(jù)庫(kù)。DrugBank能夠提供許多內(nèi)置的工具，用于查看、排序、搜索和提取文本、圖像、序列或結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。自數(shù)據(jù)庫(kù)首次發(fā)布信息起，DrugBank已被廣泛應(yīng)用于計(jì)算機(jī)檢索藥物、藥物“復(fù)原”、計(jì)算機(jī)檢索藥物結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、藥物對(duì)接或篩選、藥物代謝預(yù)測(cè)、藥物靶點(diǎn)預(yù)測(cè)和一般制藥教育。
DrugBank包含13791種藥物條目，其中包括2653種經(jīng)批準(zhǔn)的小分子藥物、1417種經(jīng)批準(zhǔn)的生物技術(shù)(蛋白質(zhì)/肽)藥物、131種營(yíng)養(yǎng)品和6451種實(shí)驗(yàn)藥物。此外，5236個(gè)非冗余蛋白(即藥物靶標(biāo)/酶/轉(zhuǎn)運(yùn)體/載體)序列與這些藥物條目相關(guān)聯(lián)。每個(gè)DrugCard條目包含200多個(gè)數(shù)據(jù)字段，其中一半用于藥物/化學(xué)數(shù)據(jù)，另一半用于藥物靶標(biāo)或蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)。DrugBank最大的特色是它支持全面而復(fù)雜的搜索，結(jié)合DrugBank可視化軟件，這些工具能讓科學(xué)家們非常容易的檢索到新的藥物靶目標(biāo)、比較藥物結(jié)構(gòu)、研究藥物機(jī)制以及探索新型藥物。
DrugBank
https://go.drugbank.com/drugs/
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好的，接下里看看如何使用這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)吧。
一、Search 搜索
從主頁(yè)面我們可以看出，檢索方式有兩種，一種是專(zhuān)門(mén)的search模塊，一種是主頁(yè)快速搜索。
Search模塊給出的搜索模式很豐富（包括但不限于化學(xué)機(jī)構(gòu)、分子量、藥理學(xué)的專(zhuān)業(yè)搜索），如下：
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其中Chemical structure允許用戶(hù)繪制（使用Marvin Sketch小程序或Chem Sketch小程序）或?qū)懴拢⊿MILES字符串）化合物，右側(cè)可以設(shè)置檢索相似值等，對(duì)結(jié)構(gòu)式進(jìn)行模糊檢索，可以找到與目標(biāo)結(jié)構(gòu)式相近的藥物。
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主頁(yè)的搜索包括四種，分別為“Drugs(藥品名)”、“Targets(靶點(diǎn))”、“Pathways(作用途徑)”、“Indications(適應(yīng)癥)”，由于篇幅的原因，以下對(duì)Drugs進(jìn)行介紹吧。
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這里我們以DRUGBANK熱門(mén)藥物Morphine嗎啡為例進(jìn)行搜索，點(diǎn)擊enter，結(jié)果如下：
01 IDENTIFICATION
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這里可以看到對(duì)藥物的名稱(chēng)、描述、類(lèi)型、結(jié)構(gòu)體同位素、化學(xué)式等內(nèi)容，比如這里描述說(shuō)到嗎啡是鴉片的主要生物堿，于1805年首次從罌粟種子中獲得。是一種有效的止痛藥，盡管由于耐受性，戒斷和濫用風(fēng)險(xiǎn)而受到限制。嗎啡在1941年獲得FDA批準(zhǔn)。
第二部分PHARMACOLOGY說(shuō)到的就是藥理。藥效學(xué)、作用機(jī)理、吸收性、分布量、蛋白質(zhì)結(jié)合、代謝、消除途徑、半衰期、清除率、毒性、通路、藥物基因組效應(yīng)/ ADR ，清清楚楚列出。
**02 **PHARMACOLOGY
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**03 **INTERACTIONS
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這部分會(huì)給出嗎啡在使用過(guò)程中和其他藥物的互相作用和后果展示，以及一些食物的禁忌。
**04 **PRODUCTS
這里會(huì)展示藥物的產(chǎn)品，比如這里嗎啡的產(chǎn)品成分、產(chǎn)品圖片品牌、處方產(chǎn)品、通用處方藥、混合產(chǎn)品等。
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**05 **CATEGORIES
CATEGORIES會(huì)給出ATC代碼和藥品類(lèi)、化學(xué)分類(lèi)。
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**06 **CHEMICAL IDENTIFIERS
化學(xué)標(biāo)識(shí)符:
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**07 **參考文獻(xiàn)
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后面還有臨床試驗(yàn)、藥物制造各大公司集團(tuán)、價(jià)格以及專(zhuān)利的介紹，靶點(diǎn)等等，在結(jié)構(gòu)欄可以看到，詳細(xì)內(nèi)容這里不再一一列出。
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二、Browse 瀏覽
瀏覽模塊可以讓我們選擇小分子藥物或者生物技術(shù)藥物，篩選項(xiàng)包括是否批準(zhǔn)（Approved）,是否保健品（Nutraceutical），是否違禁藥（Illicit），研究藥物（Investigational），撤回藥物（Withdrawm）,實(shí)驗(yàn)藥物（experimental）。最重要的是，很多藥物在各個(gè)國(guó)家的使用情況是不一樣的，因此，DrugBank提供了藥物使用地分組，可以選擇屬于美國(guó)，加拿大還是歐洲的市場(chǎng)。
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瀏覽的機(jī)構(gòu)根據(jù)藥物的名稱(chēng)、重量、結(jié)構(gòu)體和藥物描述以及分類(lèi)目錄進(jìn)行展示，示例如下：
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點(diǎn)擊藥物后展示如下（和搜索結(jié)果基本一致）：
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有目的地尋找藥物相關(guān)內(nèi)容時(shí)，可以根據(jù)左側(cè)點(diǎn)擊不同行的內(nèi)容進(jìn)行查看。
三、Download 下載
Drugbank支持下載所有的藥物信息，但是要先注冊(cè)賬號(hào)。不同內(nèi)容下載格式不同，完整版是xml，結(jié)構(gòu)體是SDF，外部鏈接的數(shù)據(jù)是CSV格式，蛋白質(zhì)標(biāo)識(shí)符是CSV，目標(biāo)序列是FASTA。
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PS：蛋白質(zhì)識(shí)別符包括UniProt和PDB等資源的外部ID。這些下載首先按蛋白質(zhì)/化合物類(lèi)型（靶標(biāo)，轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白等）劃分。其次，它們按毒品類(lèi)別（批準(zhǔn)的，非法的等）劃分。每個(gè)檔案包含2個(gè)文件：一個(gè)用于所有靶標(biāo)/酶/轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白/載體，一個(gè)僅帶有標(biāo)記為的文件pharmacologically active（與至少一種相關(guān)藥物的作用機(jī)制直接相關(guān)）。導(dǎo)出CSV文件中的每一行還包括一連串的DrugBank藥品ID（以分號(hào)分隔）的列表作為最后一列。
通過(guò)Drugbank 數(shù)據(jù)庫(kù)的各項(xiàng)功能可以幫助我們盡快的熟悉疾病相關(guān)藥物的信息，查看相應(yīng)的成分、產(chǎn)地和價(jià)格，篩選所需藥物，為了下一步實(shí)驗(yàn)進(jìn)行仿制藥or新藥的研發(fā)都有一定的幫助。希望大家使用愉快，本期到此結(jié)束~
References
Wishart DS, Feunang YD, Guo AC, Lo EJ, Marcu A, Grant JR, Sajed T, Johnson D, Li C, Sayeeda Z, Assempour N, Iynkkaran I, Liu Y, Maciejewski A, Gale N, Wilson A, Chin L, Cummings R, Le D, Pon A, Knox C, Wilson M. DrugBank 5.0: a major update to the DrugBank database for 2018. Nucleic Acids Res. 2017 Nov 8. doi: 10.1093/nar/gkx1037.
