示例fa文件：

image.png

第一種方法：

新建 script.sh，輸入以下內(nèi)容：

awk 'BEGIN{FS=">"}{if(NF==2){print $0}else{printf $0}}' $1  | awk 'BEGIN{FS=">"}NR==1{print $0}NR>1{if(NF==2){print $1;print ">"$2}else{print $0}}'  > all_oneline.fa

第二種方法：

只需一行awk命令（閑來(lái)無(wú)事突然想出來(lái)的騷操作）：

awk 'NR==1{a[NR]=$0}NR>1{if(a[NR-1] ~ ">"){print a[NR-1];a[NR]=$0}else if($0 ~ ">"){print a[NR-1];a[NR]=$0}else{printf a[NR-1];a[NR]=$0}}END{print a[NR]}' test.fa  > all_oneline.fa

之后運(yùn)行，第一個(gè)參數(shù)為需要轉(zhuǎn)換的多行fa文件，輸出文件all_oneline.fa 為轉(zhuǎn)換后的文件，如圖

image.png

第三種方法：

使用getline函數(shù)：
示例文件：

image.png

 awk 'NR==1{print $0}NR>1{if($0 ~ ">"){print"";print $0}else{tmp=$0;getline;if($0 ~ ">"){print tmp;print $0}else{printf tmp""$0}}}'  test.fa

輸出文件：

image.png

非常的簡(jiǎn)單