一.通過擴胞把其他點的虛頻折射到Gamma點

1. 進行primitive cell的計算時，往往會出現(xiàn)虛頻

   • 一般可以對unit cell進行擴胞來消除虛頻(削弱周期性邊界條件的影響)，或者虛頻會被折射到點

2. 擴胞計算聲子譜,查看點聲子譜

   • 運行命令phonopy band.conf

     舉個band.conf的栗子：

     ATOM_NAME = Sn O2
     DIM = 2 1 3
     EIGNENVECTORS = .TRUE. #這個參數(shù)可以實現(xiàn)輸出虛頻的振動本征值
     BAND = 0.0 0.0 0.0 ... -0.5 0.5 0.5
     # BAND_LABELS = G Z T Y S X U R
     

• 在band.yaml文件中可以看到,振動對應(yīng)的實部和虛部
  
  實部和虛部

二.利用phonopy中的MODULATION參數(shù)來移動出現(xiàn)虛頻的原子

比如，點處的原子的移動公式為：

這里是amplitude,是phase,是超胞中的原子數(shù),是第個原子的質(zhì)量,是指定的點,是第個unit cell中的第個原子的位置,是第個原子部分的本征矢量。

三.conf的書寫

ATOM_Name = SnO2
DIM = 2 1 3
SYMMETRY_TOLERANCE = 1e-3
MODULATION = 1 2 1,0 0.5 0 1 a
# MODULATION參數(shù)解釋：
# 1 2 3參數(shù)：為unitcell的闊胞參數(shù)1 2 1，由于在0 0.5 0 方向上有虛頻，所以在y軸方向上闊胞,，
# 4 5 6參數(shù)：出現(xiàn)虛頻的q點
#    7 參數(shù)：虛頻一般就是第一個band,所以我們這里用1
#    8 參數(shù)：振幅大小
#    9 參數(shù)：是弧度制的相因子，默認為0，可以不寫

四.所用生成腳本

#!/usr/bin/env python
# coding=utf-8
import os
import shutil


def MODULATION(delta, fileNumber):
    for i in range(0, fileNumber + 1):
        displace = float(i * delta)
        filename = 'modulation-' + str(displace)
        conf = 'modulation-' + str(displace) + '.conf'
        f = open(conf, 'w')
        f.write('ATOM_Name = SnO2-' + str(displace) + '\n')
        # 之前用于算聲子譜的擴胞系數(shù)
        f.write('DIM = 2 1 3\n')
        # 闊胞時分析對稱性的允許誤差
        f.write('SYMMETRY_TOLERANCE = 1e-3\n')
        # 前三個為軟膜找相變，將unitcell所闊的胞，由于在0 0.5 0 方向上有虛頻，所以在y軸方向上闊胞
        f.write('MODULATION = 1 2 1,0 0.5 0 1 ' + str(displace))
        f.close()
        os.system('phonopy ' + conf)
        os.system('rm MPOSCAR-001')
        os.system('mv MPOSCAR POSCAR-' + str(displace))

    for i in range(0, fileNumber + 1):
        displace = i * delta
        foldname = 'Modulation-' + str(displace)
        if not os.path.exists(foldname):
            os.system('mkdir ' + foldname)
        for file in ['INCAR', 'POTCAR', 'POSCAR-' + str(displace)]:
            shutil.copy2(file, foldname)
        os.chdir(foldname)
        os.rename('POSCAR-' + str(displace), 'POSCAR')
        os.chdir('..')

    os.system('rm modulation-*')
    os.system('rm POSCAR-*')


if __name__ == '__main__':
    MODULATION(delta=1.0, fileNumber=20)