RSEM
RSEM是對基因進行表達定量的一個軟件，是基于STAR序列對比的基礎之上進行的。而kallisto不需要進行比對可以直接定量。
安裝
conda install rsem
安裝RSEM時，solving?enviorment一直不動，更新conda【conda upgrade --all】并且【conda?config?--set?channel_priority?flexible】設置channel
1. prepare-reference
rsem-prepare-reference?\ #從參考基因組中提取原始準備文件
--gtf?00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf?\ #注釋信息
00ref/TAIR10_Chr.all.fasta?\ #參考基因組文件
arab_RSEM/arab_rsem
2. calculate-expression
rsem-calculate-expression?\
--paired-end?\ #雙向測序
--no-bam-output?\ #不需要輸出bam結(jié)果
--alignments?-p?5?-q?03align_out/sample2_Aligned.toTranscriptome.out.bam?\
arab_RSEM/arab_rsem?\ #索引位置
04rsem_out/sample2_rsem #輸出位置
結(jié)果
完成輸出了結(jié)果文件，其中，rsem.genes.results和rsem.isoforms.results分別表示gene水平和轉(zhuǎn)錄本水平的定量結(jié)果。
Kallisto
安裝
conda install kallisto
1、構(gòu)建索引
kallisto?index?-i?arab_kallisto?arab_RSEM/arab_rsem.transcripts.fa
2、進行定量
kallisto?quant?-i?arab_kallisto?-o?05kallisto_out/sample2?\
02clean_data/output_forward_paired.fq.gz?02clean_data/output_reverse_paired.fq.gz
quant-count模式
-i 索引 arab_kallisto 目錄
-o 輸出 05kallisto_out/sample2 目錄
3、結(jié)果
運行程序輸出三個結(jié)果，abundance.h5??? abundance. tsv ? ? run_ info. json其中abundance. tsv文件可讀，顯示表達定量的結(jié)果值。
參考：http://www.itdecent.cn/p/3e96d0f8fe71
????????? http://www.itdecent.cn/p/ad605d4fa6f6
