參考htseq-count的用法-Bluesky's blog

?? 在進行htseq前，要先將.bam文件用samtools sort一下：

sorted.bam文件進行htseq-count:

注意上下兩個命令行注釋基因格式的不同，.gtf時報錯，換成.gff時則可運行

注釋基因下載網(wǎng)址，有gtf和gff兩種格式

運行結果（感覺不太對）：

上述得到的sorted和count文件已刪除

又重新samtools sort了一遍（運行的時候沒有動它 等程序自己介紹）：

/mnt/d/AAA-臺式機-LY-WorkSpace/aligned$ samtools sort -n 105TRA.bam -o 105TRA_sorted-2.bam(-n說明按name sort，若不指定，則默認按染色體位置)

rseqc-count（不敢動，等程序自己結束QAQ），-s沒有設置參數(shù)，默認狀態(tài)：

/mnt/d/AAA-臺式機-LY-WorkSpace/aligned$ htseq-count -f bam 105TRA_sorted-2.bam gencode.v31.annotation.gff3 > 105TRA-2.count

運行結果：沒有報錯

aligned文件夾中的文件

htseq又運行一遍，-s參數(shù)設置為no：

htseq參數(shù)設置

/mnt/d/AAA-臺式機-LY-WorkSpace/aligned$ htseq-count -f bam -s no 105TRA_sorted-2.bam gencode.v31.annotation.gff3 > 105TRA-2-s-no.count

結果生成105TRA-2-s-no.count文件：