輸入按坐標排序過的bam比對結(jié)果文件和bed區(qū)間信息文件，統(tǒng)計bed文件中，目標區(qū)間內(nèi)比對結(jié)果的深度信息。

關于SAM/BAM格式的介紹，參考分析模塊 "Map with BWA" 的幫助文檔，或者參考：（https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf）。

關于BED格式的介紹，參考：（http://asia.ensembl.org/info/website/upload/bed.html）。

輸入：
1、坐標排序過的bam比對結(jié)果文件。
2、bed區(qū)間信息文件。

示例：
chr1 2000 4000
chr2 13500 15000
chr3 23000 25000

輸出：bed文件內(nèi)，每個區(qū)間內(nèi)比對結(jié)果的深度信息。

示例：
chr1 2000 4000 287685 143.84
chr2 13500 15000 219340 146.23
chr3 23000 25000 294815 147.41

注：

追加的第四列為，bed區(qū)間內(nèi)比對上的堿基總數(shù)。

追加的第五列為，bed區(qū)間內(nèi)堿基的平均深度，計算方式為：第四列的值除以bed區(qū)間長度。

用SAMtools v0.1.19軟件中的bedcov命令進行深度信息的統(tǒng)計（http://samtools.sourceforge.net/）。

命令

samtools bedcov you.bed you.bam

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