2021-01-15 基因組注釋文件gff3轉(zhuǎn) gtf格式

這個(gè)其實(shí)在服務(wù)器聯(lián)網(wǎng)的狀態(tài)下，操作起來十分簡單

首先給服務(wù)器安裝conda

然后用conda安裝gffread

conda install -c bioconda gffread

安裝好之后，一條命令搞定


gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf

反過來也可以

gffread HC.gtf -o HC.gff3

如果沒有l(wèi)inux系統(tǒng)，那么可以采用biopython

詳見：
https://cloud.tencent.com/developer/article/1727772

pip install bioinfokit

>>> from bioinfokit.analys import gff

>>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3")

服務(wù)器聯(lián)網(wǎng)很重要

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成，瀏覽時(shí)請結(jié)合常識(shí)與多方信息審慎甄別。
平臺(tái)聲明：文章內(nèi)容（如有圖片或視頻亦包括在內(nèi)）由作者上傳并發(fā)布，文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點(diǎn)，簡書系信息發(fā)布平臺(tái)，僅提供信息存儲(chǔ)服務(wù)。

相關(guān)閱讀更多精彩內(nèi)容

友情鏈接更多精彩內(nèi)容