上一個(gè)課程，我們對(duì)NetworkAnalyst在線工具進(jìn)行概述，簡(jiǎn)單回顧一下，我們使用的NetworkAnalyst包括五個(gè)功能模塊，分別是

1）Gene list input?：含表達(dá)值的基因ID列表的差異分析

2) Gene Expression Table?：?jiǎn)蝹€(gè)RNA測(cè)序或芯片數(shù)據(jù)表達(dá)數(shù)據(jù)

3) Multiple Gene Expression Tables?：多個(gè)RNA測(cè)序或芯片數(shù)據(jù)表達(dá)數(shù)據(jù)meta分析

4)?Raw RNA-Seq?Data?：將RNAseq fastq文件上傳到Galaxy服務(wù)器上進(jìn)行分析

5)?Network File：網(wǎng)路文件分析

以“Gene Expression Table”為例，首先我們需要先upload我們需要分析的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，接下來(lái)我們以GEO數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)為例進(jìn)行分析?！皊pecify organism”中輸入物種信息，如人，我們就選擇“H. sapiens (human)”?！癉ata type”選擇數(shù)據(jù)類型，包括“Microarray data”和“Bulk RNA-seq?data”?！癐D?type”選擇ID類型，這里簡(jiǎn)單介紹幾種常見(jiàn)的ID類型，Entrez ID，這個(gè)相信大家不陌生，這個(gè)我們使用NCBI?GENE可以檢索到，檢索結(jié)果中?GENE?ID就是我們的Entrez ID。RelSeq ID（NCBI?reference sequences），格式通常為兩個(gè)大寫(xiě)字母（NC: DNA\ NM:?mRNA\?NP：Protein）_數(shù)字，例NC_003071。Ensemble Gene ID，格式為物種前綴(前綴：Ens表示Human，ENSMUS表示Mouse) +序列類型（G表示Gene，T表示Transcripts，P表示Protein）+數(shù)字，例ENSG00000175899。后面ID類型就不一一介紹了。

Entrez ID檢索：

接下來(lái)我們實(shí)例部分，以GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載芯片信息，利用NetworkAnalyst在線工具進(jìn)行差異分析。我們以GSE50161為例，在GEO?datsets里面進(jìn)行搜索，檢索后我們下載Series Matrix Files，前面介紹過(guò)該文件是經(jīng)過(guò)矩陣處理，可以直接用于分析。

下載完成后是個(gè)txt文件，我們需要用EXcel去打開(kāi)該文件。找到!Sample_title和!Sample_geo_accession，選擇相應(yīng)樣本信息后重新粘貼到新文件里（.EXL）,另外將探針及表達(dá)信息對(duì)應(yīng)粘貼在一起，形成新的分析文件。

將新的文件按照NetworkAnalyst格式，將“!Sample_geo_Accession”修改為“#NAME”，根據(jù)sample title信息修改成#CLASS，示例如下。修改完成后另存為“含制表符的文本文檔”格式。

然后倒入我們的NetAnalyst在線工具中進(jìn)行“submit”后進(jìn)行分析。第一步：upload Data.

第二步：Quality Check，設(shè)置過(guò)濾和歸一化參數(shù)，過(guò)濾我們選擇默認(rèn)，歸一化如果數(shù)據(jù)已經(jīng)經(jīng)過(guò)log2處理則選擇None。通過(guò)BoX plot圖形可以判定有沒(méi)有經(jīng)過(guò)log2處理。

第三步：Proceed后繼續(xù)進(jìn)行“Differential Analysis”。設(shè)置分組和分組比較信息。點(diǎn)擊“submit”。

第四步：點(diǎn)擊“Proceed”，在跳出的新界面設(shè)置篩選標(biāo)準(zhǔn)。

繼續(xù)“submit”，我們可以看到存在多少差異基因，并且通過(guò)“Download Result”按鈕下載我們的檢索結(jié)果。