2022空間轉(zhuǎn)錄組分析01:stLearn CCI分析教程數(shù)據(jù)說明

教程鏈接:https://stlearn.readthedocs.io/en/latest/tutorials/stLearn-CCI.html

教程更新速度太快,很多網(wǎng)絡(luò)上的帖子已經(jīng)不能運行了,官網(wǎng)教程的數(shù)據(jù)又沒有提前交代。。。還沒開始學(xué)習(xí)就遇到了兩個坑。。。
此教程數(shù)據(jù)在:10X官網(wǎng)

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space ranger 1.1.0與1.0.0區(qū)別:spot數(shù)不一樣,官方教程采用的是1.0.0,V1_Breast_Cancer_Block_A_Section_1/的spot數(shù)為3813個

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教程中的label_transfer_bc.txt數(shù)據(jù)在:https://github.com/BiomedicalMachineLearning/stLearn/tree/master/tutorials

關(guān)于label的來源,可見:https://github.com/BiomedicalMachineLearning/stLearn/issues

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