有時(shí)候 我講解后臺(tái)提交任務(wù)，一般都要講半個(gè)小時(shí)，有時(shí)候講一百遍也不能要求所有人記住每個(gè)字眼，因此我寫下來這篇博文，希望更多的同行者可以復(fù)習(xí)并也可以通過博文來理解并解決你的困擾！

登錄你的服務(wù)器或mac的終端

任務(wù)投遞步驟

1. 核查軟件是否安裝，能否--help
2. 參數(shù)用法是否正確，查詢一下參數(shù)的具體含義，根據(jù)--help翻譯英文
3. 檢查輸入文件路徑
4. 核查輸出文件路徑
5. 提交任務(wù)，如有有報(bào)錯(cuò)，解決報(bào)錯(cuò)在投遞任務(wù)
6. 查看任務(wù)是否已經(jīng)在進(jìn)程上運(yùn)行著
7. 查看結(jié)果路徑，是否運(yùn)行出內(nèi)容。有的命令不會(huì)那么快運(yùn)行出結(jié)果
   備注：很多事情，這個(gè)只是用來排除疑難雜癥的問題的，因?yàn)槟阌薪?jīng)驗(yàn)了后，就能看懂很多報(bào)錯(cuò)，就能一下子想到出錯(cuò)地方，但是如果你初學(xué)的話，尤其第一次投遞一個(gè)軟件的任務(wù)時(shí)，可以試試這種方法，他能幫你排除掉90%的報(bào)錯(cuò)問題~

任務(wù)直接提交

• 這里不再贅述，conda安裝軟件sra-tools，請(qǐng)查看我的博文，故直接提交命令
• 對(duì)于初學(xué)者，一般是這樣提交的，直接在登錄節(jié)點(diǎn)投遞任務(wù)；
• 但是對(duì)于一個(gè)集群，我們是不會(huì)在登錄節(jié)點(diǎn)投遞任務(wù)的，因?yàn)槲覀冇泻芏鄬ｉT跑任務(wù)的節(jié)點(diǎn)。
• 那么如果你只能直接投遞任務(wù)了，下面就是一個(gè)簡(jiǎn)單的例子

source activate rna
prefetch SRR1039510 -O ~

2019-04-11T04:31:32 prefetch.2.9.1: 1) Downloading 'SRR1039510'...
2019-04-11T04:31:32 prefetch.2.9.1:  Downloading via fasp...
SRR1039510                                      
2019-04-11T04:42:43 prefetch.2.9.1:  fasp download succeed
2019-04-11T04:42:43 prefetch.2.9.1: 1) 'SRR1039510' was downloaded successfully

ls -lh  ~/*sra
-rw-r--r-- 1 qmcui qmcui 1.6G Nov 27  2013 /home/qmcui/SRR1039510.sra

任務(wù)的下載還是很快，11分鐘下載結(jié)束，但是這十一分鐘內(nèi)你什么事情都做不了。得重新開一個(gè)窗口。
運(yùn)行過程如圖：

下載過程

下載結(jié)果

任務(wù)提交后，只能等待任務(wù)的結(jié)束，你才能輸入命令，否則提交的任務(wù)還在運(yùn)行的時(shí)候，你發(fā)現(xiàn)你輸入什么都沒反應(yīng)。

重點(diǎn)是，這種情況下運(yùn)行的任務(wù)會(huì)因?yàn)槟憔W(wǎng)絡(luò)掉線、服務(wù)器掉線、xshell/終端關(guān)閉、電腦關(guān)閉等突發(fā)情況而任務(wù)被終止

因此我們希望任務(wù)運(yùn)行時(shí)被投遞出去，被投遞到后臺(tái)運(yùn)行，然后很開心的關(guān)電腦去睡覺

任務(wù)后臺(tái)提交

后臺(tái)任務(wù)通常用nohup ... &

source activate rna

nohup prefetch  SRR1039511 -O ~ &
# 按enter
# 后臺(tái)提交任務(wù)后，命令行就被立刻返回了
# 可以再做別的事情~

ps -ef|grep qmcui|grep prefetch
# 查看qmcui用戶提交的所有任務(wù)是ps -ef|grep qmcui

cat nohup.out 

后臺(tái)提交prefetch

后臺(tái)任務(wù)必須保存日志信息

但你把任務(wù)提交到后臺(tái)后，運(yùn)行的提示信息，如果你沒有保存、重定向的話，自然也就沒有啦。那么如果提交到后臺(tái)的任務(wù)報(bào)錯(cuò)了，你就需要報(bào)錯(cuò)信息，所以必須看到這樣的報(bào)錯(cuò)原因，才能準(zhǔn)確定向，到底哪里出問題啦，對(duì)吧！
因此捕獲報(bào)錯(cuò)信息很重要?。?！我們需要將后臺(tái)運(yùn)行任務(wù)的正確提示還是報(bào)錯(cuò)信息都要保存起來

所以上面的任務(wù)就會(huì)變形為：

prefetch  SRR1039510 -O ~ 1>SRR1039510.download.log 2>&1 &
prefetch  SRR1039511 -O ~ 1>SRR1039511.download.log 2>&1 &
prefetch  SRR1039512 -O ~ 1>SRR1039512.download.log 2>&1 &
prefetch  SRR1039513 -O ~ 1>SRR1039513.download.log 2>&1 &
prefetch  SRR1039514 -O ~ 1>SRR1039514.download.log 2>&1 &

大家嘗試運(yùn)行，并查看任務(wù)是否投遞成功，別忘了ps -ef|grep qmuci；匹配自己的用戶名即可哦！學(xué)習(xí)：http://www.itdecent.cn/p/dee6db5afeff

循環(huán)提交任務(wù)

如果將任務(wù)循環(huán)起來呢，再來點(diǎn)難度！這里先準(zhǔn)備循環(huán)前的使用文件，這個(gè)文件的怎么準(zhǔn)備，是源于循環(huán)里你需要用什么數(shù)據(jù)，文件里就準(zhǔn)備什么數(shù)據(jù)，然后用管道符|傳遞給循環(huán)的代碼

# 生成一個(gè)如下的SRR_list.txt文件
echo SRR10395{10..14}|sed 's/ /\n/g' >SRR_Acc_List.txt

cat SRR_Acc_List.txt
SRR1039510
SRR1039511
SRR1039512
SRR1039513
SRR1039514

運(yùn)行示例：

# 理解循環(huán)結(jié)構(gòu)
# 這里我沒投遞，先寫了echo "即將投遞到服務(wù)器上的命令"
cat SRR_Acc_List.txt |while read id;do echo "prefetch  $id -O ~ 1>$id.download.log 2>&1";done
prefetch  SRR1039510 -O ~ 1>SRR1039510.download.log 2>&1
prefetch  SRR1039511 -O ~ 1>SRR1039511.download.log 2>&1
prefetch  SRR1039512 -O ~ 1>SRR1039512.download.log 2>&1
prefetch  SRR1039513 -O ~ 1>SRR1039513.download.log 2>&1
prefetch  SRR1039514 -O ~ 1>SRR1039514.download.log 2>&1
# 查看這些內(nèi)容是不是你要投遞的

# 循環(huán)投遞任務(wù)：
cat SRR_Acc_List.txt |while read id;do prefetch  $id -O ~ 1>$id.download.log 2>&1;done

循環(huán)后臺(tái)提交任務(wù)

嘗試了前面循環(huán)提交任務(wù)，那循環(huán)的任務(wù)怎么投遞后臺(tái)？

# 通過測(cè)試cat SRR_Acc_List.txt |while read id;do prefetch  $id -O ~ 1>$id.download.log 2>&1;done循環(huán)語句沒錯(cuò)
然后寫進(jìn)去一個(gè).sh文本

cat >prefetch.sh
cat SRR_Acc_List.txt |while read id;do prefetch  $id -O ~ 1>$id.download.log 2>&1;done

nohup bash prefetch.sh &
# 即把任務(wù)循環(huán)投遞到后臺(tái)~

寫在最后

雖然第一次學(xué)起來有點(diǎn)難度，其實(shí)每個(gè)人但凡需要學(xué)linux投遞任務(wù)的，這個(gè)知識(shí)點(diǎn)都是不可避免的，慢慢理解，反正不能躲避，就正面迎擊吧

敲重點(diǎn)

• 其實(shí)把任務(wù)放在后臺(tái)最重要的符號(hào)是&。
• 不要再循環(huán)的do代碼的后面里放入&，你會(huì)死很慘，慢慢你就理解啦。
• 任務(wù)投遞出去，千萬不要以為就萬事大吉了，因?yàn)檫€有查看任務(wù)是不是真的投遞上了。
• 等你學(xué)會(huì)后臺(tái)提交任務(wù)，你就可以學(xué)習(xí)怎么寫流程了。
• 1> 1.log 捕獲一種輸出，2> 2.log有捕獲一種輸出。如果想理解清楚，運(yùn)行下面代碼

find / -name '*gz'

find / -name '*gz' 2>~/error.txt

find / -name '*gz' 1>~/result.txt