問題起因：在用gatk進行HaplotypeCaller時，報錯

原因是在用hisat2或者bwa比對是沒有添加RG；hisat2（參數(shù)為--rg），bwa（參數(shù)為-R）

而GATK2.0以上版本將不再支持無頭文件的變異檢測。加頭這一步可以在BWA比對的時候進行，通過-r參數(shù)的選擇可以完成。如果在BWA比對期間沒有選擇-r參數(shù)，可以增加這一步驟?？墒褂胮icard-tools中AddOrReplaceReadGroups完成（https://www.cnblogs.com/daimakun/p/5089324.html）。

加表頭可以通過兩種方式：samtools reheader和picard AddOrReplaceReadGroups （https://blog.csdn.net/viancheng/article/details/107063765）

所以目前問題可以通過加表頭解決：

picard AddOrReplaceReadGroups I=SRR10052239.rmdup.bam O=test1.bam RGID=SRR10052239 RGLB=SRR10052239 RGPL=ILLUMINA RGPU=unit1 RGSM=SRR10052239 &>test1.log &

這幾個參數(shù)是必須的：

RGID：輸入reads集ID號（可以是SRR10052239）

RGLB：read集文庫名（同樣可以為SRR10052239；在bwa -R不用定義，所以不重要？）

RGPL：測序平臺（ILLUMINA）

RGPU：測序平臺下級單位名稱（run的名稱；在bwa -R不用定義，所以不重要？）

RGSM：樣本名稱（SRR10052239）

Note:以picard AddOrReplaceReadGroups I=SRR10052239.rmdup.bam O=test1.bam RGID=4 RGLB=lib1 RGPL=ILLUMINA RGPU=unit1 RGSM=SRR10052239 &>test1.log &進行測試；生成的結果可以正常生成g.vcf文件，證明填寫好RGPL和RGSM就好了，其他不重要?。。?/p>

Note：參考生信技能樹的課程，他bwa時也沒有添加readgroup；

但是通過AddOrReplaceReadGroups.jar同時實現(xiàn)了sort和添加readgroup？？（http://www.bio-info-trainee.com/838.html）