在線下載pdb文件：

先在NCBI子數(shù)據(jù)庫(kù)structure檢索所需要的蛋白結(jié)構(gòu)，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?term=
記錄下該蛋白的PDB ID，然后打開(kāi)PyMOL，命令行輸入：

fetch 5ocn#foxn1
fetch 3uf0#
fetch 1si4#血紅蛋白

5ocn和3uf0為PDB ID

1.png

去除水分子

remove solvent

分離得到蛋白

remove organic

2.png

參考自：
http://www.itdecent.cn/p/ed3446ebd2e8
https://pymol.org/pymol-command-ref.html

切換目錄

cd D:\demo

導(dǎo)入文件

load xxx.pdb

隱藏所有對(duì)象

hide

鼠標(biāo)的幾個(gè)操作用法：

A） 拖動(dòng)鼠標(biāo)左鍵：按住左鍵，任意方向拖動(dòng)鼠標(biāo)，使視圖轉(zhuǎn)動(dòng)；

B） 上下拖動(dòng)鼠標(biāo)右鍵：按住右鍵，上下拖動(dòng)鼠標(biāo)，使視圖縮放；

C） 拖動(dòng)鼠標(biāo)中間滾輪：按住滾輪，任意方向拖動(dòng)鼠標(biāo)，使視圖移動(dòng)；

D）滾動(dòng)鼠標(biāo)中間滾輪：拉進(jìn)或拉遠(yuǎn)鏡頭，使近處原子逐漸顯示或隱藏。

下載

纖維素外切酶CBHI和纖維素糖鏈的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)

fetch 7cel

螺旋飄帶模型（α螺旋和β折疊），在PyMOL中叫cartoon模式

as cartoon

命令顯示多種模式

show lines 
show sticks 
show ribbon

那么怎么用命令實(shí)現(xiàn)著色呢？比如整個(gè)蛋白顯示綠色，命令是

color green

對(duì)α螺旋、β折疊和無(wú)規(guī)則卷曲著不同的顏色怎么實(shí)現(xiàn)呢？ 比如α螺旋（helix）顯示紅色，β折疊（sheet）顯示綠色，無(wú)規(guī)則卷曲（loop）
顯示藍(lán)色，命令是

color red,ss h 
color green,ss s 
color blue,ss l+’’

ss h，ss s的意思了，其實(shí)就是選擇二級(jí)結(jié)構(gòu)α-helix或β-sheet，那么ss l+”” (這里單引號(hào)和雙引號(hào)都行)為什么還要寫(xiě) +”” 呢？ 因?yàn)槎?jí)結(jié)構(gòu)的分類(lèi)不僅僅只有這三種，PyMOL為了簡(jiǎn)化，就把不是α-helix和β-sheet的結(jié)構(gòu)全部歸為loop
和其他無(wú)規(guī)則結(jié)構(gòu)了，所以這里得用 l+”” 表示。
文獻(xiàn)上的結(jié)構(gòu)圖一般都是白色背景，怎么設(shè)置背景顏色呢？ 命令是

bg_color white

比如選擇7cel中的一個(gè)催化殘基212位的谷氨酸GLU，命令如下

select geng,resi 212

點(diǎn)擊geng框后S按鍵中的sticks，212GLU殘基就會(huì)顯示出sticks模式，再點(diǎn)
擊C按鍵中的oranges改為桔色，如下圖。這一切也可用命令實(shí)現(xiàn)

show sticks,geng 
color orange,geng

點(diǎn)擊geng小框L按鍵中的residues，這樣就對(duì)212GLU加上了標(biāo)簽，L就是Label的意思。
突出顯示

zoom geng

點(diǎn)擊上圖右下角的S按鍵，S指sequence，點(diǎn)擊后會(huì)顯示出蛋白序列。剛才選擇殘基是用命令實(shí)現(xiàn)的，也可以用鼠標(biāo)左鍵在蛋白結(jié)構(gòu)或蛋白序列上點(diǎn)擊，點(diǎn)擊中的殘基就會(huì)被選中并起名為sele，然后使用A按鍵中的rename selection修改名稱即可，你會(huì)發(fā)現(xiàn)被點(diǎn)中的殘基都會(huì)顯示出粉紅色的小點(diǎn)
擊上圖右下角的S按鍵，S指sequence，點(diǎn)擊后會(huì)顯示出蛋白序列。剛才選擇殘基是用命令實(shí)現(xiàn)的，也可以用鼠標(biāo)左鍵在蛋白結(jié)構(gòu)或蛋白序列上點(diǎn)擊，點(diǎn)擊中的殘基就會(huì)被選中并起名為sele，然后使用A按鍵中的rename selection修改名稱即可，你會(huì)發(fā)現(xiàn)被點(diǎn)中的殘基都會(huì)顯示出粉紅色的小點(diǎn)。 可是到目前為止，
所選擇的最小單位都是殘基，如果只想選擇一個(gè)原子或者一條肽鏈，
怎么做？鼠標(biāo)操作的話，首先要修改選擇的單位，仔細(xì)看一下右下角是不是有 Selecting Residues，點(diǎn)擊Resdiues，看看都有什么。如果想選擇單個(gè)原子，那么點(diǎn)擊到顯示Atoms的時(shí)候停下來(lái)，如圖 然后再在結(jié)構(gòu)上點(diǎn)擊某個(gè)原子，就選中它了。此時(shí)不能在序列上點(diǎn)擊了，因?yàn)樾蛄兄挥袣埢麤](méi)有原子名。 舉一反三，你也可以選擇一個(gè)分子、一條鏈、一個(gè)Cα原子等等
.3 布爾算符和標(biāo)簽命令
中學(xué)時(shí)學(xué)過(guò)布爾算符and/or/not，在PyMOL的選擇命令中布爾算符非常有用。比如選擇7cel中212GLU殘基的Cα原子，怎么選？ select geng,resi 212 和select geng,name ca兩個(gè)命令顯然不行，因?yàn)樗鼈兎謩e對(duì)212
殘基的所有原子以及蛋白的所有Cα原子進(jìn)行了選擇，而不只是212GLU的Cα原子。 可以這樣做

select geng,resi 212 and name C

那么如何選擇212和214號(hào)殘基的所有原子呢？

select geng,resi 212 or resi 214

選擇除200-400號(hào)殘基外的所有殘基

select geng,not resi 200-400  color white,geng 

顯示一下被選中的殘基
選擇212和214號(hào)殘基的非Cα原子

select geng,resi 212+214 and not name ca hide all 
show sticks,geng label geng,name

結(jié)構(gòu)打光并保存圖片

ray  
png 001  

打光命令ray就像在照相館照相時(shí)需要專(zhuān)門(mén)的燈光設(shè)備，這里ray打光后，圖像顯示出景深和立體效果，更加逼真和精美。 保存圖片命令非常簡(jiǎn)單，png后面加上你起的任意文件名即可，回車(chē)后圖片自動(dòng)保存在當(dāng)前工作路徑下，圖片文件格式是png，看看后綴就清楚了。注意當(dāng)前工作路徑在哪里，還記得pwd目錄。