2021-03-07 生信小組linux環(huán)境下的軟件安裝

軟件管理Miniconda

軟件下載器

下載miniconda

• miniconda 清華
• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
• uname -a 查看服務(wù)器
• 復(fù)制對(duì)應(yīng)的鏈接

wget *URL* #下載

安裝miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

激活miniconda

source ~/.bashrc

添加鏡像

# 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用

查看安裝的軟件

conda list

安裝軟件

conda install fastqc -y #-y 全部回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y #指定版本

卸載軟件

conda remove fastqc -y

conda環(huán)境

查看環(huán)境

conda info --envs
#* 默認(rèn)的環(huán)境

創(chuàng)建環(huán)境

conda create -n rna-seq python=3
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #并安裝軟件

激活新環(huán)境

conda activate rna-seq  #*換到rna-seq

退出環(huán)境

conda deactivate