Pemberton J . 2008. Wild pedigrees: the way forward. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 275(1635): 613–621.

• SSR
  微衛(wèi)星是多年來推斷親緣關系常用的標記（Parker et al. 1998; Jones＆Ardren 2003）。它具有其他標記類型不具備的特點：單座位信息，共顯性，由于低頻下的許多等位基因導致的高變異性，通過自動化的高通量潛力和適于對從野生種群獲得的法醫(yī)樣品的分析的短DNA片段。識別新物種的微衛(wèi)星標記是通過從頭發(fā)現(xiàn)或利用其跨物種效用?，F(xiàn)在通常獲得用于親本分析的基因型只是時間和金錢的問題。
  【缺點】有時，微衛(wèi)星很難找到或者多態(tài)性差?；蚍中鸵子诎l(fā)生突變（分型錯誤），且有明顯比例的基因座具有分離無效等位基因（Dakin＆Avise 2004），所有這些都可能引起假親本排除。影響長期研究的技術問題是微衛(wèi)星等位基因大小在檢測平臺之間變化。

• SNP
  未來，單核苷酸多態(tài)性（SNPs）可能常用于自然種群的譜系重建。 雖然與微型衛(wèi)星相比信息量少得多，但它們存在大量數(shù)據(jù)，并且與微型衛(wèi)星相比潛在的誤差更小。 因此，識別個體和親本的能力可能非常高（Anderson＆Garza 2006）。 目前已經為動物和人類開發(fā)了單核苷酸多態(tài)性的panel，并且研究證實了它們與標準微衛(wèi)星相比的有用性（例如Phillips等人2007; Rohrer等人2007）。

Berger-Wolf T Y, Sheikh S I, DasGupta B, et al. 2007. Reconstructing sibling relationships in wild populations. Bioinformatics, 23(13).

與顯性標記如AFLP和ISSR不同，微衛(wèi)星等位基因是共顯性的，因此每個基因座的基因型和等位基因頻率的推斷是直接的。 對于不受大規(guī)?；蚪M計劃影響的物種，SNPs的開發(fā)比微衛(wèi)星開發(fā)更加困難和昂貴。 更重要的是，識別相關個體的能力主要取決于每個基因座的等位基因數(shù)及其雜合度，微衛(wèi)星在兩個方面明顯優(yōu)于其他標記，5-20等位基因和雜合度> 0.700是典型的，如 許多野生種群。

Trong T Q, van Bers N, Crooijmans R, et al. 2013. A comparison of microsatellites and SNPs in parental assignment in the GIFT strain of Nile tilapia (Oreochromis niloticus): The power of exclusion. Aquaculture, 388–391(1): 14–23.

然而，微衛(wèi)星對基因分型誤差也很敏感，特別是在自動多重系統(tǒng)中（Pompanon et al，2005）。 近年來，單核苷酸多態(tài)性（SNP）越來越受歡迎（Anderson和Garza，2006; Hauser等，2011; Jones et al，2010; Pemberton，2008）。 主要原因是高通量篩選，低錯誤率（<0.1％）和實驗室與微衛(wèi)星相比標準化更容易和更便宜的事實（Anderson和Garza，2006）。 SNP是雙等位基因，與多等位基因微衛(wèi)星相比，它們具有較低的分辨能力。 然而，這可以通過對更多數(shù)量的標記物進行基因分型來補償（Haasl和Payseur，2011; Hess等人，2011; Wang和Santure，2009）。