前面推文所提基本性質(zhì)的分析（理化性質(zhì)，基因染色體分布，基因結(jié)構(gòu)、基序和保守結(jié)構(gòu)域）已完成，進(jìn)一步基因家族成員的進(jìn)化分析可以推測未知基因的功能，也會讓文章更為完整。進(jìn)化分析包括1.基因家族成員的分類（進(jìn)化樹）2.物種內(nèi)共線性分析（本人研究栽培花生，其分為A和B兩個亞家族，可以研究A、B、A和B之間的關(guān)系）3.物種間共線性分析（栽培花生與模式植物擬南芥）
1.基因家族成員進(jìn)化分析（進(jìn)化樹），如果基因家族成員數(shù)量不多，與基因結(jié)構(gòu)，基序分布和保守結(jié)構(gòu)域可以合成一張圖，根據(jù)自己需要整合，因為本人研究較大，進(jìn)化分析是單獨(dú)做圖。主要是2個部分A：氨基酸序列的比對與進(jìn)化樹的構(gòu)建（MEGA軟件）B：進(jìn)化樹的美化（ITOL網(wǎng)站http://itol2.embl.de/external.cgi）
A：氨基酸序列的比對與進(jìn)化樹的構(gòu)建（MEGA7軟件）：Align→Edit/Build Alignment→Create a new alignment→Protein→氨基酸序列拖入→Align by Muscle→Neighbor Joining→出現(xiàn)進(jìn)化樹（調(diào)整了相關(guān)參數(shù)并不是很滿意圖片的質(zhì)量和效果，于是保存樹文本文件，其他軟件或者網(wǎng)站進(jìn)行美化）→File→Export current tree（Newick）→ctrl+s→命名
B：進(jìn)化樹的美化（ITOL）
ITOL（最好進(jìn)行用戶注冊，方便查看保存上傳的文件）→Date uploaded→選擇之前保存的樹文本文件并命名→顯示界面有basic/advanced/diaplay controls（根據(jù)需要自行調(diào)整，我對研究的基因家族成員整體進(jìn)行顏色的分類和命名）→Export tree（根據(jù)需要選擇保存格式）
進(jìn)化樹的構(gòu)建與美化還需要與其他工作結(jié)合進(jìn)行反復(fù)確認(rèn)與修正（同一個亞家族成員基因結(jié)構(gòu)、基序分布保守結(jié)構(gòu)域是否一致，是否與其他物種該基因亞家族分類大致相似等）。
2.物種內(nèi)共線性分析（搜索公眾號“生信藥丸”或“今日之森”講解十分詳細(xì)。栽培花生和栽培花生）：主要分為以下3個部分C：序列的比對D：文件的整理E：物種內(nèi)的可視化
C：序列的比對：TBtools→BLAST→Two Sequences Files（參數(shù)自行調(diào)整，Outfmt為table）→Start（運(yùn)行時間與物種基因組大小和相關(guān)參數(shù)設(shè)定有關(guān)，花生自身比對電腦運(yùn)行了9 h左右，建議晚上電腦過夜）
D1：文件的整理（Advanced Circos需要2個文件圖中1和3）：
（1） 染色體長度文件：自行編輯，文本格式保存
（2）Linked info文件：參考“今日之森”公眾號中物種共線性推文（基因家族成員的數(shù)量少，自行編輯即可）
E1：種內(nèi)的可視化：TBtools→Graphics→Advanced Circos
D2：文件的整理（Circle Gene View需要3個文件圖中1、2和3）：
（1）基因組注釋文件：原始的.gff3文件
（2）Gene Id List文件：（第一步確定家族成員已獲得）
（3）Gene Linked info文件：：參考“今日之森”公眾號中物種共線性推文（基因家族成員的數(shù)量少，自行編輯即可）
E2：物種內(nèi)的可視化：TBtools→Graphics→Show Genes On Chromosomes→Circle Gene View
3.物種間共線性（栽培花生和擬南芥），與上述一致分為以下3個部分F：序列的比對G：文件的整理H：物種間的可視化
F：序列的比對：TBtools→BLAST→Two Sequences Files（參數(shù)自行調(diào)整，Outfmt為table）→Start（運(yùn)行時間與物種基因組大小和參數(shù)設(shè)定有關(guān)，先花生比對到擬南芥，再擬南芥比對到花生，一次比對電腦運(yùn)行了6.5 h左右）
G：文件的整理（總共4個文件整理后只有2個）：
(1)TBtools→Comparative Genomics→File Merge for MCScanX→花生和擬南芥分別的基因組注釋文件拖入（.gff），Merge Mode改成GtfGff2SimGxf格式→得到文件1（花生和擬南芥整合的基因組注釋文件）；
(2)TBtools→Comparative Genomics→File Merge for MCScanX→花生和擬南芥的分別雙向比對的文件結(jié)果（blast.table），Merge Mode不變→得到文件2（花生和擬南芥的整合的雙向比對的文件結(jié)果）。
(3)TBtools→Comparative Genomics→Quick Run MCScanX Wrapper→拖入文件1和2得到文件3（花生和擬南芥的共線性文件.collinearity）
H：物種間的可視化：TBtools→Comparative Genomics→Dual Synteny Plot→拖入4個文件（Block參數(shù)自行設(shè)置，我設(shè)置的30）→圖片另存為（我一般選擇pdf格式導(dǎo)入PS）
準(zhǔn)備4個文件：
Ctl文件（陳程杰老師課程提供有相關(guān)模板，可自行編輯或搜索其他公眾號的推文）
GFF文件：文件1
Collinearity文件：文件3
Gene List For Highlight：基因家族的ID List（第一步確定家族成員已獲得）
以上就是基因家族成員進(jìn)化關(guān)系的分析，對于成員數(shù)量較多的家族而言，工作量確實(shí)不小，文件格式經(jīng)常出錯，可視化圖片沒有顯示等等，好在摸索后有比較好的結(jié)果，真誠的建議：多想，多找資料，多問，多做。
