王含見戰(zhàn)敗，忙燒毀了營帳，連夜逃竄。晉明帝司馬紹回到皇宮中，大赦天下，惟有王敦的黨羽不在赦免之列，命令庾亮、蘇峻等人追襲逃到吳興的沈充；溫嶠、劉遐等人追擊逃亡江寧的王含、錢鳳；又分別命令各位將領(lǐng)追捕王敦死黨。
王含準(zhǔn)備逃奔荊州投奔王舒，王應(yīng)說：“我們不如去江州?！?/p>
王含說：“大將軍王敦以前與江州王彬的關(guān)系怎么樣，你難道不知道嗎，居然想到那里去？”
王應(yīng)說：“這正是我們應(yīng)該去的理由，江州的王彬在他人強(qiáng)盛的時候，敢于堅(jiān)持不同的立場，這不是一般人能比得上的，現(xiàn)在看到他人遭受困厄，他也必定會有惻隱之心。而荊州的王舒循規(guī)蹈矩，哪里能超出常規(guī)行事呢！”
王含嗤之以鼻，王應(yīng)只好隨他逃奔到荊州。
王舒派軍隊(duì)相迎，隨后將王含、王應(yīng)父子沉入江中溺死。王彬聽說王應(yīng)要來，秘密準(zhǔn)備小船等候，王應(yīng)卻沒來，王彬?yàn)榇松罡羞z憾。
錢鳳逃到闔廬州，被周光抓住了斬首，隨后周光向朝廷請求贖罪。
沈充當(dāng)初跟著王敦謀反之時，曾殺了部將張茂及其三個兒子，張茂的妻子陸氏，聽說沈充要逃回吳興，散盡家財(cái)，召集了張茂的舊部，在途中守候沈充，準(zhǔn)備抓住沈充剮了為夫報(bào)仇。
沈充聽說了這個消息，不敢回去，繞道而行，竟然誤入故將吳儒的家里。吳儒笑著說：“我可以被封為三千戶侯了！”沈充說：“你如果顧念往日情義保全我，我家必定會重重報(bào)答你，你如果為了私利殺我，我死以后，你的家族也將會滅絕?！?/p>
吳儒沒有理他，還是殺死了沈充，并將他的首級送到建康，至此，王敦的黨羽全部平定。沈充的兒子沈勁應(yīng)當(dāng)連坐受誅，同鄉(xiāng)錢舉把他藏匿起來，因此得以幸免，后來，沈勁果然滅絕了吳氏全族。
周撫和鄧岳一起逃亡，周光想放過自己的兄長，只將鄧岳抓獲，周撫憤怒地說：“我和鄧岳一起逃亡，你為什么不先殺我！”恰巧鄧岳到來，周撫出門對他大喊：“你還不趕快離開，現(xiàn)在有人連親骨肉都想加害，何況是他人呢！”
鄧岳連忙掉轉(zhuǎn)船頭而逃，后來與周撫共同隱匿在西陽蠻中，第二年，司馬紹下詔赦免王敦的門黨后，周撫、鄧岳出來自首，得以免去一死，但是被禁錮起來。
有關(guān)部門向司馬紹稟告說：“叛賊王敦的親族王彬等人，都應(yīng)該革職除名?！?/p>
司馬紹說：“司徒王導(dǎo)大義滅親，我都準(zhǔn)備寬宥他與王敦的兄弟身份，何況王彬等人也還是王導(dǎo)的近親呢！”于是全部不加查問，隨后又任命王導(dǎo)為太保，以特殊禮儀相待。
司馬紹又追贈在王敦之亂中被害的司馬承、戴淵、周顗、王澄等人官職。
周札的舊部下為周札申辯冤屈，尚書卞壺說：“周札守衛(wèi)石頭城，竟然開門接納敵寇，不應(yīng)當(dāng)追贈他?！?/p>
司徒王導(dǎo)則說：“往年的時候，王敦的叛逆行為并不明顯，即使我們這些有識之士都未能察覺，與周札也沒有什么不同。發(fā)現(xiàn)到王敦的叛逆行為后，周札便為國獻(xiàn)身，不久導(dǎo)致被殺，我認(rèn)為應(yīng)當(dāng)與周顗、戴淵同等對待?！?/p>
郗鑒不同意，說：“周顗、戴淵他們是因?yàn)槭毓?jié)而死，周札引敵寇入城，如果形式不同而賞賜均等，怎么能勸善阻惡！如果按照司徒的理論，說往年即使是有識之士都與周札沒有區(qū)別，那么司馬承、周顗、戴淵他們都應(yīng)該承受罪責(zé)，又有什么理由追贈謚號！現(xiàn)在既然褒揚(yáng)他們，那么周札當(dāng)然應(yīng)該受到貶責(zé)了！”
王導(dǎo)堅(jiān)持說：“周札和司馬承他們，雖然表現(xiàn)形式不同，但都是盡人臣的節(jié)操。”
郗鑒駁斥道：“王敦叛亂，本來相持很久不能入城，因?yàn)橹茉秊樗蜷_城門，才使朝廷軍隊(duì)遭到失敗。如果王敦過去的所作所為，在道義上與齊桓公、晉文公相似，那么先帝不就成了周幽王、周厲王那樣的殘暴之君了嗎！”
朝臣們都被郗鑒的一番話說得不敢出聲，但出于安撫江南門閥的需要，司馬紹最終還是采納了王導(dǎo)的意見，追封周札為衛(wèi)尉官銜。
一次，王導(dǎo)和溫嶠一起謁見司馬紹，司馬紹問溫嶠，前代能統(tǒng)一天下的原因是什么。溫嶠還沒有回答，王導(dǎo)說：“溫嶠年輕，還不熟悉這一段的事情，請?jiān)试S老臣為陛下說明?！?/p>
王導(dǎo)就從司馬懿開始創(chuàng)業(yè)之初，誅殺有名望的家族，寵信并栽培贊成自己的人開始一一述說，以及晉文帝司馬昭后來誅殺高貴鄉(xiāng)公曹髦的事情。司馬紹聽完后，羞愧地掩面倒在床上說：“如果像您說的那樣，晉朝的天下又怎么能長久呢！”
晉明帝司馬紹聰慧過人，年幼的時候就留下了“舉目見日不見長安”的典故，他遇事有決斷，尤其明白事理，雖然在位期間兵亂連年，饑荒不斷，國事艱難，權(quán)臣王敦挾兵威而震懾人主，他始終能虛與委蛇、潛心謀劃，所以最后終能以弱制強(qiáng)肅清大兇。
司馬紹也算是一代明主，只是在王敦之亂平定后沒有多久，年僅二十七歲的他就因病重離開人世，臨終前留下遺命讓王導(dǎo)、郗鑒、庾亮、溫嶠等共同輔佐太子。
五歲的皇太子司馬衍即皇帝位，群臣進(jìn)獻(xiàn)國璽時，司徒王導(dǎo)因?yàn)樯∥吹?，卞壺在朝上生氣地說：“王公難道不是關(guān)系國家安危的大臣嗎？先帝的靈柩尚未安葬，即位的皇帝還未登基，這難道是臣子以有病為由辭謝不到的時候嗎！”
王導(dǎo)聽說后，連忙抱病登車趕到，隨后司馬衍即天子位，大赦天下，尊庾皇后為皇太后。因?yàn)榛实勰暧?，太后臨朝聽政，任命王導(dǎo)錄尚書事，和庾亮、卞壺共同輔佐朝政。由于庾亮是太后的親哥哥，所以政事基本上都由庾亮來裁決。
