說在前面
Immugent最近淘到了一個(gè)特別好用的，針對T細(xì)胞亞群進(jìn)行注釋的輔助工具：ProjecTILs，這個(gè)軟件好用到你只需要把要分析的表達(dá)矩陣給它，它就能幫你自動匹配之前已經(jīng)根據(jù)功能分好的T細(xì)胞類型，尤其適用于感染和腫瘤小鼠模型的數(shù)據(jù)。小編從一個(gè)免疫學(xué)專業(yè)的角度都對其注釋出的結(jié)果都深信不疑，簡直挑不出任何瑕疵。
其實(shí)這個(gè)軟件對應(yīng)的文章在去年就已經(jīng)發(fā)表在Nature communications雜志上了，篇名為；Interpretation of T cell states from single-cell transcriptomics data using reference atlases，要說實(shí)在有啥不足之處呢，就是這個(gè)軟件只能注釋各種T細(xì)胞亞群。但是小編覺得這就足夠了，因?yàn)樵谒械拿庖呒?xì)胞類型中，就屬T細(xì)胞的亞型最多、最難區(qū)分了！
由于這個(gè)軟件的功能非常強(qiáng)大，生信寶庫將會針對這個(gè)軟件連續(xù)發(fā)表7期的推文，對其所有功能進(jìn)行詳細(xì)的介紹，大體上包括今天第一期對ProjecTILs基本工作框架進(jìn)行介紹，后面5期推文對各個(gè)功能分別進(jìn)行實(shí)操演示，以及最后一期推文用實(shí)例文章進(jìn)行總結(jié)。
主要內(nèi)容
為了構(gòu)建一個(gè)全面的小鼠腫瘤T細(xì)胞狀態(tài)參考圖譜，作者首先收集了21個(gè)黑色素瘤和結(jié)腸癌小鼠腫瘤模型的公開可用scRNA-seq數(shù)據(jù)，通過去除批次效應(yīng)后，作者共整合了包含來自6個(gè)不同研究在內(nèi)的25個(gè)樣本的16,803個(gè)高質(zhì)量T細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。
同樣，作者還構(gòu)建了急性和慢性感染期間病毒特異性CD8+ T細(xì)胞的參考圖譜。
隨后，作者通過在參考小鼠圖譜上投射癌癥患者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，來嘗試將人類腫瘤浸潤T細(xì)胞的功能狀態(tài)進(jìn)行分類，發(fā)現(xiàn)注釋出的T細(xì)胞亞群還是相當(dāng)準(zhǔn)確的。
最后，作者還進(jìn)一步驗(yàn)證了利用小鼠參考圖譜對不同組織來源的單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋的效果，發(fā)現(xiàn)ProjecTILs的準(zhǔn)確性依然很高！
對T細(xì)胞的scRNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行穩(wěn)健的、生物相關(guān)的功能定義通常是一個(gè)迭代的、耗時(shí)的過程，需要生物信息學(xué)和生物領(lǐng)域的專業(yè)知識相結(jié)合。即使在成功的分析之后，研究之間的細(xì)胞簇也不能直接進(jìn)行比較，這阻礙了我們學(xué)習(xí)跨隊(duì)列、條件和模型的一般生物學(xué)規(guī)則。作者就構(gòu)建了這樣一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組T細(xì)胞參考圖譜，并證明它是一種非常有效的方法來判定細(xì)胞類型、組織或整個(gè)生物體的分子T細(xì)胞圖譜多樣性。
小結(jié)
總體上說，ProjecTILs主要是對小鼠腫瘤和感染模型中的T細(xì)胞進(jìn)行注釋，雖然作者表示也可以用于人的樣本，但是Immugent覺得注釋出的結(jié)果可能不是很準(zhǔn)確。因?yàn)槿讼鄬τ谛∈蟮腡細(xì)胞無論從發(fā)育上，還是功能上還是有一些區(qū)別的，當(dāng)然可以將ProjecTILs對人注釋的結(jié)果用于輔助，再結(jié)合人專有的T細(xì)胞markers會更好。
好啦，關(guān)于ProjecTILs第一期的推文說到這就結(jié)束啦，后續(xù)幾期我們將進(jìn)行實(shí)操演示，敬請期待！
