下載R SDK
訪問鏈接下載R語(yǔ)言安裝包 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-3.5.2-win.exe
下載后雙擊安裝包進(jìn)行安裝，安裝時(shí)如果不想使用默認(rèn)的安裝路徑，則要自定義安裝目錄。
下載 R Studio
訪問鏈接下載R Studio的R語(yǔ)言編輯器 https://download1.rstudio.org/RStudio-1.1.463.exe 下載后同樣雙擊安裝包進(jìn)行安裝，安裝路徑同樣自選。
下載 ggplot2、Cairo
打開R SDK的安裝路徑，默認(rèn)是C:\Program Files\R\R-3.5.2\bin，雙擊打開R.exe可執(zhí)行文件，在彈出的Shell框中依次輸入命令
install.packages("ggplot2", repos = "http://cran.r-project.org")
打開R Studio軟件，在軟件的左下方命令行中，輸入命令
install.packages("Cairo")
畫柱形圖
打開R Studio軟件，在左上角選擇新建文件，然后把下面的代碼復(fù)制到代碼框中，多出來的文字刪除即可。
其中，要修改幾個(gè)地方，一個(gè)是setwd里面的東西，這個(gè)函數(shù)指的是要打開哪個(gè)文件加，所以需要把里面的home改成你的數(shù)據(jù)文件存放的地方。注意要把""符號(hào)替換成"/"符號(hào)，如 setwd("C:/opt")。
下面的read.table里面的也需要改，改成你的數(shù)據(jù)文件就好，注意"./"不要去掉，后面直接加上你的文件名就行，如 read.table("./KEGG-KOBAS.CSV")。
png_path指的是要輸出的圖片路徑，同樣改個(gè)名字就行，如png_path="./KEGG-KOBAS.png"
rm(list=ls())
library(ggplot2)
library(Cairo)
setwd("/home/ ")
GO_BP <- read.table("./enh_statistics/A549_GO_BP_spe.tsv",header = T,sep=",")
png_path=".GO_BP.png"
CairoPNG(png_path, width = 12, height = 7, units='in', dpi=600)
ggplot(data=GO_BP)+
geom_bar(aes(x=reorder(Term,Count),y=Count, fill=-log10(PValue)), stat='identity') +
coord_flip() +
scale_fill_gradient(expression(-log["10"](P.value)),low="red", high = "blue") +
xlab("") +
ylab("Gene count") +
scale_y_continuous(expand=c(0, 0))+
theme(
axis.text.x=element_text(color="black",size=rel(1.5)),
axis.text.y=element_text(color="black", size=rel(1.6)),
axis.title.x = element_text(color="black", size=rel(1.6)),
legend.text=element_text(color="black",size=rel(1.0)),
legend.title = element_text(color="black",size=rel(1.1))
# legend.position=c(0,1),legend.justification=c(-1,0)
# legend.position="top",
)
dev.off()
畫氣泡圖
氣泡圖代碼如下，改動(dòng)點(diǎn)和畫柱形圖一致。另外說下read.table中seq的含義，常見的表格格式有csv和tsv，csv是用逗號(hào)分隔，tsv是用制表符號(hào)分割也就是tab鍵，基因數(shù)據(jù)庫(kù)上的通常就是tsv格式用制表符分隔的，但是execel識(shí)別不出來，但是代碼中如果把sep改成'\t'的話就可以直接識(shí)別出來了。
rm(list=ls())
library(Cairo)
library(stringr)
setwd("/home/")
pathway = read.table("./enh_statistics/A549_KEGG.tsv",header=T,sep=",")
png_path="./figure/KEGG.png"
CairoPNG(png_path, width = 5.9, height = 3, units='in', dpi=600)
ggplot(pathway,aes(x=Fold.Enrichment,y=Term)) +
geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(PValue)))+
scale_colour_gradient(low="green",high="red")+
labs(
color=expression(-log[10](P.value)),
size="Gene number",
x="Fold enrichment"
# y="Pathway name",
# title="Pathway enrichment")
)+
theme_bw()+
theme(
axis.text.y = element_text(size = rel(1.3)),
axis.title.x = element_text(size=rel(1.3)),
axis.title.y = element_blank()
)
dev.off()
程序運(yùn)行
把鼠標(biāo)指到第一行，然后點(diǎn)擊上方的run按鈕，然后光標(biāo)會(huì)往下移動(dòng)一行，一直點(diǎn)到光標(biāo)移動(dòng)到最后一行結(jié)束，這樣圖片就出來了，如下圖：
參考鏈接
http://www.cnblogs.com/yumtaoist/p/4576874.html
http://www.itdecent.cn/p/462423702851
