明清時(shí)期，人們意識到此書離真實(shí)的地理和歷史差距甚遠(yuǎn)。胡應(yīng)麟認(rèn)為《山海經(jīng)》為“古今語怪之祖”，清人編寫的《四庫全書》首次將此書列為小說家異聞類

總之主要的三種看法是：1.數(shù)術(shù)類、2.地理類、3.小說類

當(dāng)然也有其他的看法，就不加贅述

現(xiàn)代對《山海經(jīng)》性質(zhì)的看法有如下幾種，一種認(rèn)為是古之巫術(shù)，此以魯迅為代表。這與《漢書》將其歸入數(shù)術(shù)略有相似之處；一種是傳統(tǒng)主流觀點(diǎn)，認(rèn)為此書屬于地理著作；再者就是紀(jì)昀等人的觀點(diǎn)，視《山海經(jīng)》為古今小說之祖。

對于《山海經(jīng)》性質(zhì)認(rèn)定有分歧的原因主要在于此書的內(nèi)容太龐雜，各部分作者、創(chuàng)作時(shí)代背景并不同。

像《山經(jīng)》除了記載山的方位、理距、出產(chǎn)之外，還會提到哪些山是某一氏族的祖墓；哪些是帝居，即某一氏族或部落心中的天帝所居；這些山通常都給予最高的祭祀規(guī)格—以太牢為祭物。同樣那些對災(zāi)異、祥瑞動植物的記載，也是為了預(yù)測的需要。

在遠(yuǎn)古時(shí)期，醫(yī)生所需要的的能力，有一部是需要先民們在長期醫(yī)療經(jīng)驗(yàn)中累積而得的實(shí)用性知識，但更多的是與神溝通的秘密能力和巫術(shù)技能。所以，巫醫(yī)一家，醫(yī)生往往由巫師兼任。對于書中的物產(chǎn)、殊方異域傳聞、先帝事跡及各種神話記錄，大概出于 規(guī)定各方貢物，了解周邊社會，應(yīng)對異族往來，傳述氏族歷史、解釋自然現(xiàn)象等等種種需要，反應(yīng)出巫師作為知識的傳承者有解釋并應(yīng)對自然、社會的現(xiàn)象這一職能。總之，盡管《山海經(jīng)》一書的內(nèi)容在今人看來是沒有經(jīng)過類分的混雜知識，但這些確實(shí)是巫師這一職業(yè)必備的。