PASA 安裝perl 模塊GD DBD::myqcl?
1.利用cpan or cpanm安裝總提示報錯，未解決
再次利用yum install ‘perl(GD)' 安裝成功
2. 下載UniVec數據后，formatdb命令格式化數據，formatdb命令找不到
NCBI ftp下載了老版 blast 尋到了formatdb，折騰了一天時間，發(fā)現它生成格式與makeblastdb一樣
3.Trinity
合并多個bam文件
samtools merge -@ 16 zs.sort.merged.bam -b sort.merge.list （待合并文件列表）
Trinity --genome_guided_bam ../abhv-bam/zs.sort.merged.bam --genome_guided_max_intron 10000??
Trinity拼接利用基因組guide的模式，使用sort -n合并的bam文件報錯。
Error，read? entries are out of order
重新對bam文件按照read mapping所在位置進行排序 ，重新排序后可行
4.seqclean對拼接后序列進行修剪
直接上報錯，sh：/seqclean/bin/psx: /lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter:No such file or directory
或者報錯：
-= Rebuilding sb-Trinity-GG.fasta cdb index =-
Error at cdbfasta workshop/sb-Trinity-GG.fasta -o sb-Trinity-GG.fasta.cidx
原因：現用linux為64位系統(tǒng)，執(zhí)行32為程序出現/lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter:No such file or directory?
安裝下glic即可解決? sudo yum install glibc.i686
seqclean ./workshop/sb-Trinity-GG.fasta -v /store_data/xls/biosoft/UniVec/UniVec
5. PASA的配置 conf.txt (源于pasa.CONFIG.template)
MYSQL_RW_USER=xls
MYSQL_RW_PASSWORD=123456?
MYSQL_RO_USER=pasa
MYSQL_RO_PASSWORD=123456
MYSQLSERVER=localhost
PASA_ADMIN_EMAIL=郵箱
BASE_PASA_URL=http://pasa-dev.tigr.org/cgi-bin
至此發(fā)現，當前版本為pasa-v2.2.0，很遺憾與構建好的mysql 8.0不兼容。
重新下載新目前最新版pasa-v2.4.1 提示mysql schema更新可兼容最新版mysql
6 conda環(huán)境影響pasa安裝運行，需要將環(huán)境變量中conda相關語句注釋掉，包含用戶及root賬戶中的bashrc文件。
開始conda直接安裝了gmap blat比對軟件，后續(xù)運行過程中報錯，卸載后手動安裝，可行。
7. pasa運行參數中需要提供轉錄組拼接后fasta fasta.clean文件，并且fasta.cln文件需要與上述兩文件出現在同一個文件夾中，不然報錯。（原因不詳，exploring）
生成mysql數據庫和表
./scripts/create_mysql_cdnaassembly_db.dbi -r -c alignAssembly.config -S ./schema/cdna_alignment_mysqlschema
運行PASA主程序將轉錄本序列比對到基因組上
../Launch_PASA_pipeline.pl -c alignAssembly.config -R -g OsHV-1.CDSB2012.fasta -t sb-Trinity-GG.fasta.clean -T -u sb-Trinity-GG.fasta --ALIGNERS gmap,blat --CPU 16 --stringent_alignment_overlap 80 --MAX_INTRON_LENGTH 20000 --TRANSDECODER
生成fasta.transdecoder.genome.gff3文件
../../scripts/pasa_asmbls_to_training_set.dbi --pasa_transcripts_fasta pasa_sboshv.assemblies.fasta --pasa_transcripts_gff3 pasa_sboshv.pasa_assemblies.gff3
（參考? http://www.chenlianfu.com/?p=1181? ??https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/12456073.html? ?）
