蜂群點圖

給你的文本文字美顏—****蜂窩圖

一行命令繪圖

比如我們想要繪制第一列和第四列之間的圖,我們可以直接用beeswarm函數(shù)就可以了。

beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast,
         pch = 16, pwcol = 1 + as.numeric(event_survival),
         xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)",
         labels = c("ER neg", "ER pos"))
legend("topright", legend = c("Yes", "No"),
       title = "Censored", pch = 16, col = 1:2)

便可以出現(xiàn)下面的圖:

image.png

我們來看一下該函數(shù)怎么設(shè)置輸入?yún)?shù):

1. 確定x軸和y軸,比如這里我們這里輸入的為第一列(ER)為x軸和第四列(time_survival)為y軸,中間用~鏈接,data參數(shù)代表數(shù)據(jù)對象來源,pch代表繪制點的形狀,16代表為圓點,pwcol 代表“逐點”繪制點的顏色,為每個數(shù)據(jù)點指定顏色,pwcol輸入的為分類變量的一列,為這一列的每一類指定不同的顏色。Xlab 代表x軸坐標名,ylab代表y軸的坐標名。

添加Legend

為了添加有效的圖例,我們可以使用legend函數(shù),來添加legend,使用十分簡單,直接在beeswarm函數(shù)后面添加就可以了。該圖我們是添加到了右上角,

結(jié)合boxplot一起繪制美圖

我們在看到這些圖的時候,很容易想到boxplot,那我們可不可以把二者整合在一起呢?理論上肯定是可以的,我們可以操作一番。


boxplot(time_survival ~ ER, data = breast, 
        outline = FALSE,    
        main = 'boxplot + beeswarm')
beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast,
         col = 4, pch = 16,  pwcol = 2 + as.numeric(event_survival), add = TRUE)

便可以得到下面的圖形了:注意必須在最后一個繪制的圖形參數(shù)上添加add=TRUR 參數(shù),否則就不會出現(xiàn)在同一個圖像上。


image.png

當然我們也可以先繪制蜂窩圖,在繪制boxplot,如下:

beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast,
         col = 4, pch = 16, pwcol = 2 + as.numeric(event_survival),
         main = 'beeswarm + bxplot')
bxplot(time_survival ~ ER, data = breast, add = TRUE)
image.png

這個時候需要在boxplot函數(shù)后面加上add=TRUE參數(shù)。出現(xiàn)的圖形如下:

library(beeswarm)
data(breast)
beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast,
         pch = 16, pwcol = 1 + as.numeric(event_survival),
         xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)",
         labels = c("ER neg", "ER pos"))
legend("topright", legend = c("Yes", "No"),
       title = "Censored", pch = 16, col = 1:2)



boxplot(time_survival ~ ER, data = breast, 
        outline = FALSE,    
        main = 'boxplot + beeswarm')
beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast,
         col = 4, pch = 16,  pwcol = 2 + as.numeric(event_survival), add = TRUE)


beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast,
         col = 4, pch = 16, pwcol = 2 + as.numeric(event_survival),
         main = 'beeswarm + bxplot')
bxplot(time_survival ~ ER, data = breast, add = TRUE)

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