Week 1

>help.search("function")      #不用拼全函數(shù)名也行
>function     #展示函數(shù)代碼細(xì)節(jié)

Week 2

命令行接口

• pwd 輸出當(dāng)前路徑
• clear 清屏
• ls 當(dāng)前目錄文件

image.png

• cd 進(jìn)入目錄

image.png

• mkdir 創(chuàng)建新目錄
• touch 創(chuàng)建空文件
• cp 復(fù)制第一個(gè)參數(shù)是原本，第二個(gè)參數(shù)是復(fù)本路徑，要復(fù)制文件夾加-r
• rm 刪除，加-r刪除文件夾
• mv 移動(dòng)，如果第二個(gè)參數(shù)是新文件名，效果等同重命名
• echo 輸出參數(shù)
• date 輸出日期

Git

1. 官網(wǎng)下載，默認(rèn)安裝
2. 打開(kāi)Git Bash

$ git config -global user.name "Your Name Here"
$ git config -global user.email "your_email@example.com"
$ git config --list    #查看信息
$ exit

3. 創(chuàng)建倉(cāng)庫(kù)

$ mkdir ~/test-repo
$ cd ~/test-repo
$ git init
$ git remote add origin https://github.com/yourUserNameHere/test-repo.git

4. 克隆倉(cāng)庫(kù)

$ git clone https://github.com/yourUserNameHere/repoNameHere.git

5. 添加文件

git add .    #添加工作目錄下所有新文件
git add -u    #更新被更改或刪除過(guò)的文件
git add -A    #以上兩項(xiàng)

6. 提交到本地倉(cāng)庫(kù)

git commit -m "注釋"

7. 推送到Github

 git push

8. 分支

git checkout -b branchname    #創(chuàng)建分支
git branch    #查看分支
git checkout master    #切換回主分支

R包

#from CRAN
install.packages("name")
install.packages(c("name1", "name2", "name3"))
#from Bioconductor
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite(c("name1", "name2"))
#Loading
library(ggplot2)
search()    #顯示該包所有函數(shù)名
find.package("devtools")    #查看是否已安裝包
#更新R
install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

Week 4

互改作業(yè)，結(jié)課^^