對于通路分析結(jié)果的可視化而言，最常用的展現(xiàn)方式就是在通路中高亮顯示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在線服務(wù)，可以方便的完成這一任務(wù)。

網(wǎng)址如下：

http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway3.html

image

這個工具使用比較簡單，分為4步：

1. 在Select KEGG pathway map 輸入框中輸入想要標(biāo)記的pathway ID ;

2. 在Enter data中輸入需要標(biāo)記的基因和對應(yīng)的信息，或者通過選擇文件按鈕，上傳對應(yīng)的文件；

3. 在Option中選擇和上一步輸入的文件格式相匹配的操作；

4. 點(diǎn)擊Exec按鈕，提交任務(wù)；

從上面的截圖可以看出，這個工具提供了3種標(biāo)記方式 ，下面我們以hsa05200這條通路為例，看下實(shí)際用法

用指定顏色標(biāo)記基因

輸入文件的格式如下：
第一列為需要標(biāo)記的基因或者KO，其他列為對應(yīng)的前景色和背景色，背景色簡單理解就是方框的填充色，前景色就是邊框和文字的顏色。
每一列之間用\t分隔，指定顏色的時候，可以有兩種寫法，第一種寫法一列只有一個顏色，代表該顏色為背景色， 比如1630 blue；第二種寫法一列有兩種顏色，兩種顏色用逗號,連接，則第一種顏色為背景色，第二種顏色為前景色，比如1630 blue,red。指定顏色時，可以用常用的顏色名稱，也可以是十六進(jìn)制的代碼，注意必須要有#開頭的注釋行，為每一列指定一個名稱，這個名稱是可以自己定義的。

示例：

#hsa    highlight
1630    blue,red
836    blue
842    #00cc33
26060    #ff3366
999    #3366ff

標(biāo)記的效果圖如下：

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用基因表達(dá)量標(biāo)記基因

當(dāng)使用基因表達(dá)量時，需要指定一個顏色范圍，將數(shù)值映射到該顏色范圍中去，適合展示表達(dá)量上的漸變關(guān)系。

輸入文件一共兩列，第一列為基因ID,第二列為基因的表達(dá)量（當(dāng)然，這里的表達(dá)量可以是任何的數(shù)值，只要是你想要表示的數(shù)據(jù)即可，比如基因的長度，folg change 數(shù)值都可以），也是必須有#開頭的表頭

示例

#hsa count
hsa:25 678
hsa:861 26
hsa:867 13

標(biāo)記的效果圖如下

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采用barplot 的形式表示基因

輸入文件格式和第二種方法完全相同，最后會輸出一個網(wǎng)頁，將數(shù)值的轉(zhuǎn)換為柱子的高度， 示意圖如下：

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總結(jié)

1. 通過color pathway, 我們可以有多種方式在通路圖中標(biāo)記我們的基因，可以直接指定顏色，也可以將表達(dá)量等數(shù)值信息映射到圖中。

2. 對于每種輸入格式，必須要有#開頭的注釋行。

3. color pathway 一次只可以標(biāo)記1張通路圖，不適合大規(guī)模的標(biāo)記。