跑完全基因組前面的pipline，拿到了vcf文件
根據(jù)指示把vcf轉(zhuǎn)化為maf，進一步畫圖統(tǒng)計，使用vcf2maf
vcf2maf的git地址為：
但是第一次跑這個軟件的時候報錯了，說他沒有啥vep的數(shù)據(jù)
看來是依賴這個工具
然后我只能進一步裝這個vep工具
但是！
這個工具是perl寫的，需要配置很多perl的環(huán)境
我實在是沒有配置出來，耗費很多時間
最后！
使用vep的docker!
vep的安裝方法主要有三：
1 傳統(tǒng)安裝
詳情見官網(wǎng)：https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#docker
簡單來說就是把文件下載下來，然后運行INSTAL.pl
但是報錯主要因為環(huán)境配置問題，以及運行的過程中會下載一些東西，網(wǎng)速問題
參考網(wǎng)址生信技能樹：http://www.360doc.com/content/21/0714/12/76149697_986499871.shtml
- conda安裝
在vcf2maf的git中推薦了這種方法：https://github.com/mskcc/vcf2maf
安裝的git：https://gist.github.com/ckandoth/61c65ba96b011f286220fa4832ad2bc0
但是不知道為啥我的conda默認安裝89的，然后升級也不行，卸載也不行
所以我就放棄了
3.使用docker
在vep的docker環(huán)境下運行vcf2maf
在這個環(huán)境中需要安裝vcf2maf以及conda，samtools
參考：https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#docker
首先pull鏡像
docker pull ensemblorg/ensembl-vep
新建一個文件夾
mkdir /anypalce/.vep
因為vep需要配置文件，使用vep下載，但是很慢，數(shù)據(jù)大約有20多G，很難下載下來，推薦自己下載再上傳到/.vep中
這里我使用的別人下載好的vep data
配置文件的下載參考：http://www.itdecent.cn/p/66aa40bff960
下載的地址：http://ftp.ensembl.org/pub/
選中自己vep的版本，然后按照參考網(wǎng)址中的方法配置文件
官方給的下載配置文件的網(wǎng)址：
https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_cache.html
配置文件主要是下載caches以及fasta
然后新建一個docker
docker run -it --net host -v mkdir /anypalce/.vep:/opt/vep/.vep ensemblorg/ensembl-vep /bin/bash
###--net host 參數(shù) ----容器創(chuàng)建時共享主機的network namespace，即容器可以訪問主機上所有的網(wǎng)絡(luò)信息，這樣容器內(nèi)的網(wǎng)絡(luò)配置就會和主機一模一樣
### /bin/bash 可以獲得一個shell的交互頁面
這樣我們就進入docker了
安裝軟件
安裝vcf2maf參考：https://github.com/mskcc/vcf2maf
export VCF2MAF_URL=`curl -sL https://api.github.com/repos/mskcc/vcf2maf/releases | grep -m1 tarball_url | cut -d\" -f4`
curl -L -o mskcc-vcf2maf.tar.gz $VCF2MAF_URL; tar -zxf mskcc-vcf2maf.tar.gz; cd mskcc-vcf2maf-*
perl vcf2maf.pl --man
perl maf2maf.pl --man
安裝conda參考conda管理生信軟件一文就夠 (qq.com)
利用conda安裝samtools
利用conda安裝bcftools
最后，可以在docker外面把vcf文件cp到/anypalce/.vep，這樣就可以在docker中的/opt/vep/.vep 訪問這個文件
然后就可以跑vcf2maf了
vcf2maf雖然只是推薦了input以及output參數(shù)，但是一定要用vcf2maf.pl --help查看參數(shù)，你會發(fā)現(xiàn)很多默認參數(shù)都是有問題的，會報錯
例如
--vep-path Folder containing variant_effect_predictor.pl [~/vep]
--vep-data VEP's base cache/plugin directory [~/.vep]
--vep-forks Number of forked processes to use when running VEP [4]
--ref-fasta Reference FASTA file [~/.vep/homo_sapiens/86_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gz]
所以你需要檢查ref_data的位置，vep的以及vep_data的位置等等。以及--ncbi-build默認是GRCh37，需要按需求修改
報錯經(jīng)驗##注意：
還需要檢查vep_data里面的數(shù)據(jù)的權(quán)限
使用chmod a+rwx添加文件夾以及所有文件的權(quán)限
這里的ref_data的fasta如果是壓縮的文件，必須是bgzip壓縮
參數(shù)詳解：
參考: https://www.likecs.com/show-203709633.html
后續(xù)跑vcf2maf的時候也有報錯，但是至少vep環(huán)境配置得七七八八，不用再考慮perl的一些library的問題
另一個和docker很像的東西，也是配置好了環(huán)境：https://www.ensembl.info/2021/05/24/cool-stuff-the-vep-can-do-singularity/
