REDO: RNA editing detection in plant organelles based on variant calling results
Journal of computational biology
2018 四區(qū)， 影響因子1點(diǎn)多
Chinese Academy of sciences
Beijing Institute of Genomics
利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對到細(xì)胞器參考基因組得到vcf文件，比對工具使用GSNAP或者BWA，檢測變異使用GATK或者SAMtools.
然后REDO這個軟件 利用得到的vcf文件檢測可能的RNA編輯位點(diǎn)。要求的輸入文件是 參考序列fasta格式，注釋文件 tbl格式，vcf格式的變異文件，還需要指定輸出文件的后綴名，然后就是很多過濾參數(shù)，有默認(rèn)設(shè)置，也可以自己指定。但這些參數(shù)的意思我還得在仔細(xì)看看。
軟件是perl腳本，論文中寫道 鑒定 注釋和統(tǒng)計RNA編輯位點(diǎn)使用perl，畫圖調(diào)用的是R語言。
軟件的下載鏈接
https://sourceforge.net/projects/redo/
直接解壓出來就可以使用
使用的時候可能會遇到報錯
Can't locate Text/NSP/Measures/2D/Fisher/left.pm in @INC (you may need to install the Text::NSP::Measures::2D::Fisher::left module) (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26.1 /usr/local/share/perl/5.26.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26 /usr/share/perl/5.26 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base) at REDO.pl line 11.
BEGIN failed--compilation aborted at REDO.pl line 11.
是因為缺少模塊 Text::NSP::Measures::2D::Fisher::left
直接使用命令
cpan install Text::NSP::Measures::2D::Fisher::left
就可以了
解壓出來的文件帶了測試數(shù)據(jù)，試一下
perl REDO.pl -g example/cp/data/cp.fsa -v example/cp/data/SRR1063407_cp.vcf -t example/cp/data/cp.tbl -o AA
當(dāng)前目錄就會多出來7個文件，7個文件怎們看我還得再研究一下。
文件里有個圖
這個圖應(yīng)該怎么理解，也得花時間想一想
軟件里還有一個readme.txt文件，還介紹了如何使用bwa+samtools得到vcf文件?？梢詤⒖?。
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小明的數(shù)據(jù)分析筆記本
