在接下來(lái)的系列文章里，我們會(huì)就百沐生物所做項(xiàng)目用到的技術(shù)做詳細(xì)技術(shù)圖解，首先，這里我們?cè)敿?xì)視圖展示一下10x genomics?的單細(xì)胞RNA-seq建庫(kù)原理。

10X genomics 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)是指通過(guò)Poly(dT)與RNA 分子 3'端poly(A)尾巴互補(bǔ)配對(duì)以捕獲RNA分子，我們稱(chēng)為3’端單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。10x genomics 在免疫組庫(kù)測(cè)序時(shí)，我們通常會(huì)同時(shí)建V(D)J文庫(kù)和單細(xì)胞5’端文庫(kù)，下一個(gè)推文會(huì)做免疫組庫(kù)建庫(kù)講解。下面我們圖示講解10x genomics 3' 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

01

?將準(zhǔn)備好的單細(xì)胞懸液通過(guò)全自動(dòng)的儀器Chromium Controller快速進(jìn)行單細(xì)胞GEMs的生成，GEMs圖解見(jiàn)下圖。

02

每個(gè)GEM未破裂，在GEMs內(nèi)部進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄生成cDNA, 這樣每個(gè)GEM里的反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA都帶有該細(xì)胞的細(xì)胞標(biāo)簽Barcode。

03

GEMs 破裂，所有細(xì)胞的cDNA pooling在一起，PCR擴(kuò)增cDNA 全長(zhǎng)， 使擴(kuò)增產(chǎn)物量達(dá)到建庫(kù)要求。

04

通過(guò)酶切的方式片段化擴(kuò)增產(chǎn)物，片段篩選后加測(cè)序接頭。

05

3’端轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)結(jié)構(gòu)圖解。

06

最后測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)里我們用于后續(xù)分析的R1 file、R2file 和I1file這三個(gè)文件內(nèi)容圖解。