pheatmap參數(shù)：
網(wǎng)上有針對熱圖繪制的粗略講解，但是都是參數(shù)不完整，可能不能滿足所有人需求，于是手動(dòng)整理了熱圖的全參數(shù)介紹。
mat
- 數(shù)組矩陣（要繪制熱圖的數(shù)據(jù)源，保證數(shù)據(jù)是numeric類型）
color
- 熱圖的顏色選擇
- 默認(rèn)：
colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name ="RdYlBu")))(100)
break
- 用來定義數(shù)值和顏色的對應(yīng)關(guān)系。可以將特定顏色和特定數(shù)值關(guān)聯(lián)，如果NA則自動(dòng)進(jìn)行計(jì)算。如果顏色超過值的范圍，超過閾值的會使用和閾值一樣的顏色。
- 默認(rèn)：NA
border_color
- 熱圖的單位元素的描邊顏色，NA表示不描邊
- 默認(rèn)：“gray60”
cellwidth
- 熱圖單位元素（cell）的寬度，NA表示依據(jù)窗口自動(dòng)調(diào)整
- 默認(rèn)：NA
- cellheight同
scale
- 數(shù)值標(biāo)準(zhǔn)（scale）化，可以是
“row“,”column“,”none“ - 默認(rèn)：“none”
cluster_rows
- 用布爾值來判定行元素是不是應(yīng)該被clustered or clust object。
- 默認(rèn)：TRUE
- 同理，cluster_cols決定是否應(yīng)該把列clust
clustering_distance_rows
- 計(jì)算類間距的方式，
- 默認(rèn)：“euclidean”（歐式距離）
- clustering_distance_cols同理
clustering_method
- cluster的途徑方法（method）
- 默認(rèn)：“complete”
clustering_callback
- 默認(rèn)：identity2
cutree_rows
- 如果使用了對行的集群，則可以指定集群個(gè)數(shù)（基于hclust），如果未使用對行集群則忽略
- 默認(rèn)：NA
- cutree_col同理
treeheight_row
- 行集群樹的高度
- 默認(rèn)：(50point)
legend
- 圖例是否顯示
- 默認(rèn)：TRUE
legend_breaks
- 圖例是否斷點(diǎn)標(biāo)注
- 默認(rèn)：NA
legend_labels
- 圖例的標(biāo)題
- 默認(rèn)：NA
annotation_row
- 是否對行進(jìn)行分類注釋
- 默認(rèn)：NA
- annotation_col同理
annotation
- deprecated parameter that currently sets the annotation_col if it is missing
- 默認(rèn)：NA
annotation_colors
- 指定注釋條的顏色。
- 默認(rèn)：NA
annotation_legend
- 布爾值表示是否顯示注釋條的圖例
- 默認(rèn)：TRUE
annotation_names_row
- 布爾值表示是否在圖例上顯示注釋名稱
- 默認(rèn)：TRUE
- annotation_names_col同理
drop_levels
- 是否在圖例顯示unused levels
- 默認(rèn)：TRUE
shown_rownames
- 是否顯示行名
- 默認(rèn)：T
shown_colnames
- 是否顯示列名
- 默認(rèn)：T
main
- 圖表主標(biāo)題
- 默認(rèn)：NA
fondsize
- 圖表字體大小
- 默認(rèn)：10
fontsize_row
- 行標(biāo)題的字號
- 默認(rèn)：fondsize
- fontsize_col同上
angle_col
- 列標(biāo)簽的角度，可以選擇0，45，270，315
display_numbers
- 是否在單位元素（cell）內(nèi)顯示數(shù)字
- 默認(rèn)：F
number_format
- 顯示在cell內(nèi)的數(shù)字格式，例如
%.2代表兩位小數(shù)%.1e表示指數(shù)形式...參見C語言printf函數(shù)格式 - 默認(rèn)：
%.2f
fontsize_number
- 限制在Cell內(nèi)的數(shù)字大小
- 默認(rèn)：0.8*fontsize
gaps_row
- 當(dāng)行未進(jìn)行集群分析時(shí)，指示再哪里查處gap空隙
- 默認(rèn)：NULL
- gaps_col同理
labels_row
- 使用行標(biāo)簽代替行名
- 默認(rèn)：NULL
- labels_col同理
filename
- 保存的路徑和文件名。支持png、pdf、tiff、bmp、jpeg
- NA
height
- 輸出的圖片都高度，單位：inches
- 默認(rèn)：NA
- width同理
silent
- 不要畫出圖像（在gtable導(dǎo)出適用）
- FALSE
na_col
- 對NA值對應(yīng)的cell填充特定顏色
- 默認(rèn)："#DDDDDD",...
例子
pheatmap(log2(FPKM +1),cluster_rows = T,cluster_cols=F,show_rownames = F,main = "Heatmap of FPKM",scale="row")
解讀：
- 數(shù)據(jù)：FPKM數(shù)值矩陣的log2轉(zhuǎn)換后的矩陣
- cluster_rows=T:對行進(jìn)行集群分析
- cluster_cols=F:不對列進(jìn)行集群分析
- main = "Heatmap of FPKM"：主標(biāo)題
-
scale="row"：對行進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化
圖片展示：
example
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