hic數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)Hic-pro處理后，會(huì)生成allvalidpairs文件，這是所有有效配對(duì)的文件。一般想要可視化的話，比較復(fù)雜。這時(shí)我們就可以把它轉(zhuǎn)化為.hic文件，放到j(luò)uicebox中就很好的可視化。

juicer中的pre命令是用來(lái)做這個(gè)事情的。只要你的數(shù)據(jù)符合pre命令處理的格式，這個(gè)就很簡(jiǎn)單。具體用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre

但有時(shí)我們的Hic-pro的結(jié)果文件不符合pre的格式，就需要使用hicpro2juicebox.sh這個(gè)腳本進(jìn)行處理。

1.下載hicpro2juicebox.sh及juicetools(必須)

從github中下載腳本

image-20201130092956053.png

從github下載juicetools

image-20201130095602267.png

2.處理allvalidpairs文件（必須）

因?yàn)槲业奈募菑腉EO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的，所以要進(jìn)行下處理。

image-20201130093335613.png

先需要解壓縮，需要注意的是，解完壓縮后，是一個(gè) TXT 文件。所以必須修改文件后綴，把TXT后綴去掉。

比如： allvalidpairs.txt -> allvalidpairs

3.修改hicpro2juicebox.sh（非必須）

在腳本的137行和140行中,有一個(gè)參數(shù)--parallel=4是針對(duì)與服務(wù)器有GNU的，如果服務(wù)器沒(méi)有GNU的話,就必須要?jiǎng)h除這個(gè)參數(shù)。

awk '{$4=$4!="+"; $7=$7!="+"; n1=split($9, frag1, "_"); n2=split($10, frag2, "_"); } $2<=$5{print $1, $4, $2, $3, frag1[n1], $7, $5, $6, frag2[n2], $11, $12 }$5<$2{ print $1, $7, $5, $6, frag2[n2], $4, $2, $3, frag1[n1], $12, $11}' $VALIDPAIRS | LANG=C sort -T ${TEMP} -k3,3d -k7,7d -S 50% --parallel=4 > ${TEMP}/$$_allValidPairs.pre_juicebox_sorted

else
    awk '{$4=$4!="+"; $7=$7!="+"} $2<=$5{print $1, $4, $2, $3, 0, $7, $5, $6, 1, $11, $12 }$5<$2{ print $1, $7, $5, $6, 0, $4, $2, $3, 1, $12, $11 }' $VALIDPAIRS | sort -T ${TEMP} -k3,3d  -k7,7d -S 50% --parallel=4 > ${TEMP}/$$_allValidPairs.pre_juicebox_sorted

4.運(yùn)行命令

bash juicebox.sh -i /slst/home/ningwei/data/CRC/FHC/FHC-1_ALL -j /slst/home/ningwei/package/juicer_tools_1.22.jar -g hg19 -o /slst/home/ningwei/data/CRC/FHC/hicdata

-i 需要進(jìn)行轉(zhuǎn)化的allvalidpairs文件

-j juicetools

-g 參考基因組

-o 輸出目錄