系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建在大學(xué)學(xué)過并用來做畢設(shè)，可是感覺自己在進(jìn)化樹的構(gòu)建上面仍有一些知識/技能模塊的缺失，恰好導(dǎo)師請了一位做進(jìn)化的好友專門過來給我講解了進(jìn)化樹的構(gòu)建，讓我能補齊一些知識。

數(shù)據(jù)

序列根據(jù)需要可以選取不同類型（cds、dna、rna、protein...）和不同位置（基因家族的全長序列、基因家族某個結(jié)構(gòu)域的序列、非編碼序列...）。在序列選取過程中盡量排除具有誘導(dǎo)性的序列。實驗過程所用的是一組病毒中某基因家族的cds序列。

>less -S gB.fas#共有80條。
例：
>AF257079
ATGCCCGCTGGTGGCGGTCTTTGGCGCGGGCCCCGCGGGCATCGGCCCGGGCACCACGGCGGTGCTGGCCTCGGACGTCTTTGGCCTGCTCCACACCACGCTGCAGCTGCGCGGGGCGCCGTCGCGCTAGCGCTGCTGCTGCTGGCGCTCGCCGCGACCCCGACGTGCGGCGCGGCGGCCGTGACGCGGGCCGCCTCGGCCTCGCCCGCGCCCGGGACGGGCGCCACCCCAGACGGCTTCTCCACGGAGGAGTCCCTCGAGGAGATCGACGGGGCCGTCTCCCCCGGCCCCTCGGACGCCCCCGACGGCGAGTACGGCGACCTGGACGCGCGCACGGCCGTGCGCGCGGCCGCGACCGAGCGGGACCGCTTCTACGTCTGCCCGCCGCCGTCCGGCTCCACGGTGGTGCGCCTGGAGCCCGAGCAGGCCTGCCCCGAGTACTCGCAGGGGCGCAACTTCACGGAGGGGATCGCCGTGCTCTTCAAGGAGAACATCGCCCCGCACAAGTTCAAGGCCCACATCTACTACAAGAACGTCATCGTCACGACCGTGTGGTCCGGGAGCACGTACGCGGCCATCACGAACCGCTTCACGGACCGCGTGCCCGTCCCCGTGCAGGAGATCACGGACGTGATCGACCGCCGCGGCAAGTGCGTCTCCAAGGCCGAGTACGTGCGCAACAACCACAAGGTGACCGCCTTCGACCGCGACGAGAACCCCGTCGAGGTGGACCTGCGCCCCTCGCGCCTGAACGCGCTCGGCACCCGCGGCTGGCACACCACCAACGACACCTACACCAAGATCGGCGCCGCGGGCTTCTACCACACGGGCACCTCCGTCAACTGCATCGTCGAGGAGGTGGAGGCGCGCTCCGTGTACCCCTACGACTCCTTCGCCCTGTCCACGGGGGACATCGTGTACATGTCCCCCTTCTACGGCCTGCGCGAGGGGGCCCACGGGGAGCACATCGGCTACGCGCCCGGGCGCTTCCAGCAGGTGGAGCACTACTACCCCATCGACCTGGACTCGCGCCTCCGCGCCTCCGAGAGCGTGACGCGCAACTTTCTGCGCACGCCGCACTTCACGGTGGCCTGGGACTGGGCCCCCAAGACGCGGCGCGTGTGCAGCCTGGCCAAGTGGCGCGAGGCCGAGGAGATGATCCGCGACGAGACGCGCGGCGGGTCCTTCCGCTTCACGTCGCGGGCCCTGGGCGCCTCCTTCGTCAGCGACGTCACGCAGCTCGACCTGCAGCGCGTGCACCTGGGCGACTGCGTCCTCCGCGAGGCCTCGGAGGCCATCGACGCCATCTACCGGCGGCGCTACAACAACACGCACGTGCTGGCCGGCGACAGGCCCGAGGTGTACCTCGCCCGCGGGGGCTTCGTGGTGGCCTTCCGCCCGCTGATCTCGAACGAGCTGGCGCAGCTGTACGCGCGCGAGCTCGAGCGCCTCGGCCTCGCCGGCGTCGTGGGCCCCGCGTCCCCCGCGGCCGCCCGTCGGGCCCGGCGCTCCCCCGGCCCGGCGGGGACGCCCGAGCCGCCGGCCGTCAACGGCACGGGGCACCTGCGCATCACCACGGGCTCGGCCGAGTTTGCGCGCCTGCAGTTCACCTACGACCACATCCAGGCGCACGTGAACGACATGCTGAGCCGCATCGCGGCCGCCTGGTGCGAGCTGCATAACAAGGACCGCACCCTGTGGGGCGAGATGTCGCGCCTGAACCCCAGCGCCGTGGCCACGGCCGCGCTGGGCCAGCGCGTCTCGGCGCGCATGCTCGGCGACGTGATGGCCATCTCGCGGTGCGTGGAGGTGCGCGGCGGCGTGTACGTGCAGAACTCCATGCGCGTGCCCGGCGAGCGCGGCACGTGCTACAGCCGCCCGCTGGTGACCTTCGAGCACAACGGCACGGGCGTGATCGAGGGCCAGCTCGGCGACGACAACGAGCTCCTCATCTCGCGCGACCTCATCGAGCCCTGCACCGGCAACCACCGGCGCTACTTTAAGCTGGGCGGCGGGTACGTGTACTACGAGGACTACAGCTACGTGCGCATGGTGGAGGTGCCCGAGACGATCAGCACGCGGGTGACCCTGAACCTGACGCTGCTCGAGGACCGCGAGTTCCTGCCCCTCGAGGTGTACACGCGCGAGGAGCTCGCCGACACGGGCCTCCTGGACTACAGCGAGATCCAGCGCCGCAACCAGCCGCACACGCTCAAGTTCTACGACATTGACCGCGTGGTCAAGGTGGACCACAACGTGGTGCTGCTGCGCGGCATCGCCAACTTCTTCCAGGGCCTCGGCGACGTGGGCGCCGCCGTCGGCAAGGTGGTCCTGGGCGCCACGGGGGCCGTGATCTCGGCCGTCGGCGGCATGGTGTCCTTCCTGTCCAACCCCTTCGGGGCGCTCGCCATCGGGCTGCTGGTGCTGGCCGGCCTGGTCGCGGCCTTCCTGGCCTACCGGCACATCTCGCGCCTGCGCCGCAACCCCATGAAGGCCCTGTACCCCGTCACGACGAAGGCGCTCAAGGAGGACGGCGTCGAAGAGGACGACGTGGACGAGGCCAAGCTGGACCAGGCCCGGGACATGATCCGGTACATGTCCATCGTGTCGGCCCTCGAGCAGCAGGAGCACAAGGCGCGCAAGAAGAACAGCGGGCCCGCGCTGCTGGCCAGCCGCGTCGGGGTGATGGCCACGCGCCGCCGGCACTACCAGCGCCTC
>GQ325658
ATGCCCGCTGGTGGCGGTCTTTGGCGCGGGCCCCGCGGGCATCGGCCCGGGCACCACGGCGGTGCTGGCCTCGGACGTCTTTGGCCTGCTCCACACCACGCTGCAGCTGCGCGGGGCGCCGTCGCGCTAGCGCTGCTGCTGCTGGCGCTCGCCGCGGCCCCGCCGTGCGGCGCGGCGGCCGTGACGCGGGCCGCCTCGGCCTCGCCGACGCCCGTCCCGGGCAGCCCCGGCCTCACCCCCAACGACGTCTCCGCGGAGGCGTCCCTCGAGGAGATCGAGGCGTTCACCCCCGGCCCCTCGGAGGCCCCCGACGGCGAGTACGGCGACCTGGACGCGCGCACGGCCGTGCGCGCGGCCGCGACCGAGCGGGACCGCTTCTACGTCTGCCCGCCGCCGTCCGGCTCCACGGTGGTGCGCCTGGAGCCCGAGCGGGCCTGCCCCGAGTACTCGCAGGGGCGCAACTTCACGGAGGGGATCGCCGTGCTCTTCAAGGAGAACATCGCCCCGCACAAGTTCAAGGCCCACATCTACTACAAGAACGTCATCGTCACGACCGTGTGGTCCGGGAGCACGTACGCGGCCATCACGAACCGCTTCACGGACCGCGTGCCCGTCCCCGTGCAGGAGATCACGGACGTGATCGACCGCCGCGGCAAGTGCGTCTCCAAGGCCGAGTACGTGCGCAACAACCACAAGGTGACCGCCTTCGACCGCGACGAGAACCCCGTCGAGGTGGACCTGCGCCCCTCGCGCCTGAACGCGCTCGGCACCCGCGGCTGGCACACCACCAACGACACCCACACCAAGATCGGCGCCGCGGGCTTCTACCACACGGGCACCTCCGTCAACTGCATCGTCGAGGAGGTGGAGGCGCGCTCCGTGTACCCCTACGACTCCTTCGCCCTGTCCACGGGGGACATTGTGTACATGTCCCCCTTCTACGGCCTGCGCGAGGGGGCCCACGGGGAGCACATCGGCTACGCGCCCGGGCGCTTCCAGCAGGTGGAGCACTACTACCCCATCGACCTGGACTCGCGCCTCCGCGCCTCCGAGAGCGTGACGCGCAACTTTCTGCGCACGCCGCACTTCACGGTGGCCTGGGACTGGGCCCCCAAGACGCGGCGCGTGTGCAGCCTGGCCAAGTGGCGCGAGGCCGAGGAGATGATCCGCGACGAGACGCGCGACGGGTCCTTCCGCTTCACGCCGCGGGCCCTGGGCGCCTCCTTCGTCAGCGACGTCACGCAGCTGGACCTGCAGCGCGTGCACCTGGGCGACTGCGTCCTCCGCGAGGCCTCGGAGGCCATCGACGCCATCTACCAGCGGCGCTACAACAACACGCACGTGCTGGCCGGCGACAGGCCCGAGGTGTACCTCGCCCGCGGGGGCTTCGTGGTGGCCTTCCGCCCGCTGATCTCGAACGAGCTGGCGCAGCTGTACGCGCGCGAGCTCGAGCGCCTCGGCCTCGCCGGCGTCGTGGGCCCCGCGTCCCCCGCGGCGGCCCGGCGGGCCCGGCGCGCCGCCGGGCAGGCGGGGACGCCCGAGCCGCCGGCCGTCAACGGCACGGGGCACCTGCGCATCACCACGGGCTCGGCGGAGTTTGCGCGCCTGCAGTTCACCTACGACCACATCCAGGCGCACGTGAACGACACGCTGGGCCGCATCGCGGCCGCCTGGTGCGAGCTGCAGAACAAGGACCGCACCCTGTGGAGCGAGATGTCGCGCCTGAACCCCAGCGCCGTGGCCACGGCCGCGCTCGGCCAGCGCGTCTNGGCGCGCATGCTNGGCGACGTGATGGCCATCTCGCGGTGCGTGGAGGTGCGCGGCGGCGTGTACGTGCAGAACTCCATGCGCGTGCCCGGCGAGCGCGGCACGTGCTACAGCCGCCCGCTGGTCACCTTCGAGCACAACGGCACGGGCGTGATCGAGGGCCAGCTCGGCGACGACAACGAGCTCCTCATCTCGCGCGACCTCATCGAGCCCTGCACCGGCAACCACCGGCGCTACTTTAAGCTGGGGAGCGGGTACGTGTACTACGAGGACTACAGCTACGTGCGCATGGTGGAGGTGCCCGAGACGATCAGCACGCGGGTGACCCTGAACCTGACGCTGCTGGAGGACCGCGAGTTCCTGCCCCTCGAGGTGTACACGCGCGAGGAGCTCGCCGACACGGGCCTCCTGGACTACAGCGAGATCCAGCGCCGCAACCAGCTGCACGCGCTCAAGTTCTACGACATCGACCGCGTGGTCAAGGTGGACCACAACGTGGTGCTGCTGCGCGGCATCGCCAACTTCTTCCAGGGCCTCGGCGACGTGGGCGCCGCCGTCGGCAAGGTGGTCCTGGGCGCCACGGGGGCCGTGATCTCGGCCGTCGGCGGCATGGTGTCCTTCCTGTCCAACCCCTTCGGGGCGCTCGCCATCGGGCTGCTGGTGCTGGCCGGCCTGGTCGCGGCCTTCCTGGCCTACCGGCACATCTCGCGCCTGCGTCGCAACCCCATGAAGGCCCTGTACCCCGTCACGACGAAGACGCTCAAGGAGGACGGCGTCGACGAGGGCGACGTGGACGAGGCCAAGCTGGACCAGGCCCGGGACATGATCCGGTACATGTCCATCGTGTCGGCCCTCGAGCAGCAGGAGCACAAGGCGCGCAAGAAGAACAGCGGGCCCGCGCTGCTGGCCAGCCGCGTCGGGGCGATGGCCACGCGCCGCCGGCACTACCAGCGCCTCGAGAGCGAGGACCCCGACGCCCTGTAG
>KF711983
GGCCCATCGGAGGCCCCCGACGGCGAGTACGGCGACCTGGACGCGCGCACGGCCGTGCGCGCGGCCGCGACCGAGCGGGACCGCTTCTACGTCTGCCCGCCGCCGTCCGGCTCCACGGTGGTGCGCCTGGAGCCCGAGCAGGCCTGCCCCGAGTACTCGCAGGGGCGCAACTTCACGGAGGGGATCGCCGTGCTCTTCAAGGAGAACATCGCCCCGCACAAGTTCAAGGCCCACATCTACTACAAGAACGTCATCGTCACGACCGTGTGGTCCGGGAGCACGTACGCGGCCATCACGAACCGCTTCACGGACCGCGTGCCCGTCCCCGTGCAGGAGATCACGGACGTGATCGACCGCCGCGGCAAGTGCGTCTCCAAGGCCGAGTACGTGCGCAACAACCACAAGGTGACCGCCTTCGACCGCGATGAGAACCCCGTCGAGGTGGACCTGCGCCCCTCGCGCCTGAACGCGCTCGGCACCCGCGGCTGGCACACCACCAACGACACCTACACCAAGATCGGCGCCGCGGGCTTCTACCACACGGGCACCTCCGTCAACTGCATCGTCGAGGAGGTGGAGGCGCGCTCCGTGTACCCCTACGACTCCTTCGCCCTGTCCACGGGGGACATCGTGTACATGTCCCCCTTCTACGGCCTGCGCGAGGGGGCCCACGGGGAGCACATCGGCTACGCGCCCGGGCGCTTCCAGCAGGTGGAGCACTACTACCCCATCGACCTGGACTCGCGCCTCCGCGCCTCCGAGAGCGTGACGCGCAACTTTCTGCGCACGCCGCACTTCACGGTGGCCTGGGACTGGGCCCCAAAGACGCGGCGCGTGTGCAGCCTGGCCAAGTGGCGCGAGGCCGAGGAGATGATCCGCGACGAGACGCGCGACGGGTCCTTCCGCTTCACGTCGCGGGCCCTGGGCGCCTCCTTCGTCAGCGACGTCACGCAGCTCGACCTGCAGCGCGTGCACCTGGGCGACTGCGTCCTCCGCGAGGCCTCGGAGGCCATCGACGCCATCTACCGGCGGCGCTACAACAACACGCACGTGCTGGCCGGCGACAAGCCCGAGGTGTACCTCGCCCGCGGGGGCTTCGTGGTGGCCTTCCGCCCGCTGATCTCGAACGAGCTGGCGCAGCTGTACGCGCGCGAGCTCGAGCGCCTCGGCCTCGCCGGCGTCGTGGGCCCCGCGTCCCCCGCGGCCGCCCGTCGGGCCCGGCGCTCCCCCGGCCCGGCGGGGACGCCCGAGCCGCCGGCCGTCAACGGCACGGGGCACCTGCGCATCACCACGGGCTCGGCCGAGTTTGCGCGCCTGCAGTTCACCTACGACCACATCCAGGCGCACGTGAACGACATGCTGAGCCGCATCGCGGCCGCCTGGTGCGAGCTGCAGAACAAGGACCGCACCCTGTGGGGCGAGATGTCGCGCCTGAACCCCAGCGCCGTGGCCACGGCCGCGCTGGGCCAGCGCGTCTCGGCGCGCATGCTCGGCGACGTGATGGCCATCTCGCGGTGCGTGGAGGTGCGCGGCGGCGTGTACGTGCAGAACTCCATGCGCGTGCCCGGCGAGCGCGGCACGTGCTACAGCCGCCCGCTGGTGACCTTCGAGCACAACGGCACGGGCGTGATCGAGGGCCAGCTCGGCGACGACAACGAGCTCCTCATCTCGCGCGACCTCATCGAGCCCTGCACCGGCAACCACCGGCGCTACTTTAAGCTGGGCGGCGGGTACGTGTACTACGAGGACTACAGCTACGTGCGCATGGTGGAGGTGCCCGAGACGATCAGCACGCGGGTGACCCTGAACCTGACGCTGCTCGAGGACCGCGAGTTCCTGCCCCTCGAGGTGTACACGCGCGAGGAGCTCGCCGACACGGGCCTCCTGGACTACAGCGAGATCCAGCGCCGCAACCAGCTGCACGCGCTCAAGTTCTAC
>KJ526432
ATGCCCGCTGGTGGCGGTCTTTGGCGCGGGCCCCGCGGGCATCGGCCCGGGCACCACGGCGGTGCTGGCCTCGGACGTCTTTGGCCTGCTCCACACCACGCTGCAGCTGCGCGGGGCGCCGTCGCGCTAGCGCTGCTGCTGCTGGCGCTCGCCGCGACCCCGACGTGCGGCGCGGCGGCCGTGACGCGGGCCGCCTCGGCCTCGCCCGCGCCCGGGACGGGCGCCACCCCAGACGGCTTCTCCACGGAGGAGTCCCTCGAGGAGATCGACGGGGCCGTCTCCCCCGGCCCCTCGGACGCCCCCGACGGCGAGTACGGCGACCTGGACGCGCGCACGGCCGTGCGCGCGGCCGCGACCGAGCGGGACCGCTTCTACGTCTGCCCGCCGCCGTCCGGCTCCACGGTGGTGCGCCTGGAGCCCGAGCAGGCCTGCCCCGAGTACTCGCAGGGGCGCAACTTCACGGAGGGGATCGCCGTGCTCTTCAAGGAGAACATCGCCCCGCACAAGTTCAAGGCCCACATCTACTACAAGAACGTCATCGTCACGACCGTGTGGTCCGGGAGCACGTACGCGGCCATCACGAACCGCTTCACGGACCGCGTGCCCGTCCCCGTGCAGGAGATCACGGACGTGATCGACCGCCGCGGCAAGTGCGTCTCCAAGGCCGAGTACGTGCGCAACAACCACAAGGTGACCGCCTTCGACCGCGACGAGAACCCCGTCGAGGTGGACCTGCGCCCCTCGCGCCTGAACGCGCTCGGCACCCGCGGCTGGCACACCACCAACGACACCTACACCAAGATCGGCGCCGCGGGCTTCTACCACACGGGCACCTCCGTCAACTGCATCGTCGAGGAGGTGGAGGCGCGCTCCGTGTACCCCTACGACTCCTTCGCCCTGTCCACGGGGGACATCGTGTACATGTCCCCCTTCTACGGCCTGCGCGAGGGGGCCCACGGGGAGCACATCGGCTACGCGCCCGGGCGCTTCCAGCAGGTGGAGCACTACTACCCCATCGACCTGGACTCGCGCCTCCGCGCCTCCGAGAGCGTGACGCGCAACTTTCTGCGCACGCCGCACTTCACGGTGGCCTGGGACTGGGCCCCCAAGACGCGGCGCGTGTGCAGCCTGGCCAAGTGGCGCGAGGCCGAGGAGATGATCCGCGACGAGACGCGCGACGGGTCCTTCCGCTTCACGTCGCGGGCCCTGGGCGCCTCCTTCGTCAGCGACGTCACGCAGCTCGACCTGCAGCGCGTGCACCTGGGCGACTGCGTCCTCCGCGAGGCCTCGGAGGCCATCGACGCCATCTACCGGCGGCGCTACAACAACACGCACGTGCTGGCCGGCGACAGGCCCGAGGTGTACCTCGCCCGCGGGGGCTTCGTGGTGGCCTTCCGCCCGCTGATCTCGAACGAGCTGGCGCAGCTGTACGCGCGCGAGCTCGAGCGCCTCGGCCTCGCCGGCGTCGTGGGCCCCGCGTCCCCCGCGGCCGCCCGTCGGGCCCGGCGCTCCCCCGGCCCGGCGGGGACGCCCGAGCCGCCGGCCGTCAACGGCACGGGGCACCTGCGCATCACCACGGGCTCGGCCGAGTTTGCGCGCCTGCAGTTCACCTACGACCACATCCAGGCGCACGTGAACGACATGCTGAGCCGCATCGCGGCCGCCTGGTGCGAGCTGCATAACAAGGACCGCACCCTGTGGGGCGAGATGTCGCGCCTGAACCCCAGCGCCGTGGCCACGGCCGCGCTGGGCCAGCGCGTCTCGGCGCGCATGCTCGGCGACGTGATGGCCATCTCGCGGTGCGTGGAGGTGCGCGGCGGCGTGTACGTGCAGAACTCCATGCGCGTGCCCGGCGAGCGCGGCACGTGCTACAGCCGCCCGCTGGTGACCTTCGAGCACAACGGCACGGGCGTGATCGAGGGCCAGCTCGGCGACGACAACGAGCTCCTCATCTCGCGCGACCTCATCGAGCCCTGCACCGGCAACCACCGGCGCTACTTTAAGCTGGGCGGCGGGTACGTGTACTACGAGGACTACAGCTACGTGCGCATGGTGGAGGTGCCCGAGACGATCAGCACGCGGGTGACCCTGAACCTGACGCTGCTCGAGGACCGCGAGTTCCTGCCCCTCGAGGTGTACACGCGCGAGGAGCTCGCCGACACGGGCCTCCTGGACTACAGCGAGATCCAGCGCCGCAACCAGCTGCACACGCTCAAGTTCTACGACATTGACCGCGTGGTCAAGGTGGACCACAACGTGGTGCTGCTGCGCGGCATCGCCAACTTCTTCCAGGGCCTCGGCGACGTGGGCGCCGCCGTCGGCAAGGTGGTCCTGGGCGCCACGGGGGCCGTGATCTCGGCCGTCGGCGGCATGGTGTCCTTCCTGTCCAACCCCTTCGGGGCGCTCGCCATCGGGCTGCTGGTGCTGGCCGGCCTGGTCGCGGCCTTCCTGGCCTACCGGCACATCTCGCGCCTGCGCCGCAACCCCATGAAGGCCCTGTACCCCGTCACGACGAAGGCGCTCAAGGAGGACGGCGTCGAAGAGGACGACGTGGACGAGGCCAAGCTGGACCAGGCCCGGGACATGATCCGGTACATGTCCATCGTGTCGGCCCTCGAGCAGCAGGAGCACAAGGCGCGCAAGAAGAACAGCGGGCCCGCGCTGCTGGCCAGCCGCGTCGGGGTGATGGCCACGCGCCGCCGGCACTACCAGCGCCTCGAGAGCGAGGACCCCGACGCCCTGTAG
...................................

建樹流程

1.進(jìn)行多序列比對
軟件有：prank、mafft、muscle等。其中prank最準(zhǔn)確，但耗費的時間和計算機資源最多，所以一般用于序列少的數(shù)據(jù)（100條左右的序列）。mafft又比muscle快，適合在大數(shù)據(jù)量的比對中使用。
2.保守區(qū)的選取
Gblocks，輸入文件為比對過后的序列文件，能篩選出保守區(qū)。
3.尋找適合的model
使用Jmodel找出最適合的模型，用于后續(xù)建樹的使用，增加可靠性。
4.建樹
建樹軟件有非常多，一般主要用ML和貝葉斯方法，NJ比較適合相似的序列。最好能同時使用ML和貝葉斯兩種方法進(jìn)行建樹，然后對比它們結(jié)果。

上機操作

序列比對

上機使用muscle進(jìn)行多序列比對（有機會多嘗試幾種比對的方法，對比它們的比對結(jié)果）。

muscle 下載網(wǎng)址http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm

commond

./muscle3.8.31_i86linux64 -in gB.fas -out gB_muscleOut.fas

結(jié)果
使用mega打開

image.png

保守區(qū)的選擇

使用Gblocks服務(wù)網(wǎng)站進(jìn)行保守區(qū)的篩選，也可以用本地版的Gblocks

http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html

將muscle比對后的文件上傳至網(wǎng)頁。
因為實驗中的序列是cds序列，所以應(yīng)選擇codons選項，其他選項不選。
提交后會彈出來一個結(jié)果頁面：

image.png

等完全載入后，直接下載頁面最下方的輸出文件（result aligment）

尋找適合的model

先要將上一步得到的blocks序列文件（result aligment）轉(zhuǎn)化成phylips格式文件(使用jmodeltest)#因為忽然連不上服務(wù)器，沒法重新跑一次流程，就直接粘貼上次用的命令----記得重新跑一次

java -jar jModelTest.jar -d gB_out_muscle_gblocks.fas -getPhylip >gB_out_muscle_gblocks.phy

開始進(jìn)行model的尋找

java -jar jModelTest.jar -BIC -d gB_out_muscle_gblocks.phy -f -g 4 -i -o gB_out_muscle_gblocks.fas.bic -s 203 -S BEST -tr 50

-s 203表示在203個model（即全部的model）中尋找，如果使用默認(rèn)值可能有些model會被忽略。

閱讀輸出文件最后的部分，找出最優(yōu)模型

tail gB_out_-_gblocks.fas.bic

image.png

此最優(yōu)模型為 TIM1+I+G 這些需要作為參數(shù)輸入phyml（本實驗使用的建樹方法）

image.png

有時需要進(jìn)行參數(shù)的換算，可以參照表格

b90e009a-56c0-4b48-ad3c-230ce7da3a29.png

所以最佳參數(shù)為 -m 012230 -a 0.98 -v 0.31

進(jìn)行進(jìn)化樹的構(gòu)建

軟件的安裝(這邊使用的是mpi版的)

tar -zvxf phyml-20120412.tar.gz
cd phyml-20120412
mkdir phyml_1
./configure --prefix=/home/wangjl/tree_test/phyml-20120412/phyml_1/ --enable-mpi
make

進(jìn)化樹的構(gòu)建：

mpirun -np 50 phyml-mpi -i gB_out_-_gblocks.fas.phy -d nt -b 1000 -s BEST -o tlr  -m 012230 -a 0.98 -v 0.31 --no_memory_check  #有一個 -m 參數(shù)，需要輸入jmodeltest得到的最優(yōu)模型，具體要研究·jmodeltest和參數(shù)說明。-b表示進(jìn)行1000bootstrap

結(jié)果可以用mega或itol查看。
進(jìn)化樹的美化：建議使用itol（http://itol.embl.de/）（通過寫配置文件可以實現(xiàn)比較炫的美化效果）