長(zhǎng)期更新
2018.10.29
Q: gmx genion命令：往溶劑中添加離子時(shí)報(bào)錯(cuò)："No line with moleculetype SOL found the [ molecules ] section of file "topol.top"
A: 首先檢查拓?fù)湮募欠裾_，如果在拓?fù)錄]有問題的情況下依然報(bào)錯(cuò)，往往可能是由于拓?fù)湮募赪indows系統(tǒng)下處理過，行尾標(biāo)記有問題。用dos2unix工具處理一下拓?fù)湮募纯伞?/p>
2018.11.20
Q: 到底是什么錯(cuò)誤導(dǎo)致了LINCS Warning？
A: 導(dǎo)致LINCS Warning的錯(cuò)誤種類很多，導(dǎo)致這個(gè)問題比較難排查。但本質(zhì)上是由于構(gòu)型不合理導(dǎo)致的。具體可以參看有關(guān)這篇譯文。今日又發(fā)現(xiàn)一個(gè)導(dǎo)致LINCS Warning的錯(cuò)誤：體系盒子太??！當(dāng)模擬體系的盒子太小時(shí)，會(huì)導(dǎo)致mdrun過程中區(qū)域分解不合理，引發(fā)LINCS Warning。
2018.12.20
Q: 傘形抽樣結(jié)果產(chǎn)生的histogram文件中只有一個(gè)峰？
A: 傘形抽樣過程中挑選了幾個(gè)窗口就會(huì)在histogram文件中產(chǎn)生幾個(gè)峰，不過在用xmgrace查看圖形時(shí)應(yīng)使用xmgrace -nxy histo.xvg讀取多列數(shù)據(jù)。
2019.07.11
Q: 使用虛原子時(shí)報(bào)錯(cuò)atom XX (Res XXX) has mass 0 (state A) / 0 (state B)。
A: 虛原子的質(zhì)量應(yīng)當(dāng)設(shè)置為一個(gè)非零的極小數(shù)，一般可以設(shè)為0.001。
Q: 如何使用constraint約束原子之間的角度。
A: 在[ constraint ]中添加一對(duì)原子即可強(qiáng)制采用約束算法對(duì)兩者之間的相對(duì)位置進(jìn)行約束，LINCS算法精度更高但不會(huì)約束角度，SHAKE算法則可實(shí)現(xiàn)對(duì)角度的約束。對(duì)于三原子間特殊的鍵角可以通過添加兩組constraint來實(shí)現(xiàn)。關(guān)于constraint的詳細(xì)信息可參照sob老師的博文。
2019.07.23
Q: 運(yùn)行模擬時(shí)報(bào)錯(cuò)：
Double sids (29, 30) for atom 3628
Double sids (29, 30) for atom 3629
Double sids (29, 30) for atom 3630
Double sids (29, 30) for atom 3631
Double sids (29, 30) for atom 3632
Fatal error:
Double entries in block structure. Item 282 is in blocks 30 and 29 Cannot make an unambiguous inverse block.
A: 這個(gè)錯(cuò)誤不太常見，在網(wǎng)上并沒有查詢到很多的信息。在gmx郵件列表中僅有三四個(gè)相關(guān)的問題，Justin的回答也并沒有明確指出更正方法，只是指出該錯(cuò)誤與拓?fù)湮募约凹s束設(shè)置有關(guān)，可以重點(diǎn)檢查。詳細(xì)信息參見gmx郵件列表。該問題的題主將constraints設(shè)置為all-bonds后沒用再出現(xiàn)該錯(cuò)誤。此處我也通過修改all-bonds解決。
