最近在使用AnnotationHub下載Orgdb數(shù)據(jù)時遇到了一個問題，使用模塊更新數(shù)據(jù)后發(fā)現(xiàn)日期停留在了2018年，數(shù)據(jù)沒有更新。現(xiàn)在很多分析依賴數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)，如果不更新，分析結(jié)果的全面性以及準確度都會大大降低。這次在更新數(shù)據(jù)庫的過程中發(fā)現(xiàn)了一些問題，和大家分享一下。
第一次嘗試：更新數(shù)據(jù)庫
為了更新數(shù)據(jù)庫，首先想到的直接刪除原有的數(shù)據(jù)庫之后下載新的數(shù)據(jù)
cd ~/.AnnotationHub
rm *
在有數(shù)據(jù)庫文件的時候會直接使用已下載的數(shù)據(jù)，所以這里先刪除了之前下載的數(shù)據(jù)，然后下載數(shù)據(jù)庫，結(jié)果更新失敗，數(shù)據(jù)庫沒有更新。
> library('AnnotationHub')
> ah <- AnnotationHub()
|======================================================================| 100%
snapshotDate(): 2018-10-24
第二次嘗試：更新包
直接更新數(shù)據(jù)庫不行，那更新包總可以了吧，最新的包應(yīng)該會支持更新后的數(shù)據(jù)庫。
update.packages('AnnotationHub')
想法太天真，更新之后重新下載數(shù)據(jù)，依然沒有更新，去查了最新的AnnotationHub模塊，發(fā)現(xiàn)了下載的數(shù)據(jù)庫時間和R版本更新的時間基本一致
第三次嘗試：更新R
這樣看或許可以通過更新R的版本來實現(xiàn)數(shù)據(jù)庫的更新。在安裝完4.1版本的R之后，重新安裝AnnotationHub包并且下載數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)庫的更新時間為2021，成功。
> library('AnnotationHub')
> ah <- AnnotationHub()
|======================================================================| 100%
snapshotDate(): 2021-05-18
在AnnotationHub的介紹中，提到了該模塊依賴其他的模塊，具體如下
在不更新R的情況下，可以考慮更新一下其他的依賴包，或許可以實現(xiàn)數(shù)據(jù)庫的更新，因為依賴的包很大，我沒有下載，大家可以試一下。如果有更好的辦法，可以留言分享。
參考資料
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