ParaAT2.0 下載和安裝
接觸Linux第一天，短期目標(biāo)是Ka/Ks計(jì)算
參考好幾位網(wǎng)友大神的帖子開(kāi)始linux系統(tǒng)中Ka/Ks的計(jì)算
首先用wget 下載 Para2.0的包?ParaAT - Tools - BIG Data Center - National Genomics Data Center (CNCB - NGDC)
wget?ftp://download.big.ac.cn/bigd/tools/ParaAT2.0.tar.gz
參考網(wǎng)友的解壓安裝包步驟
tar-xf ParaAT2.0.tar
被command not found折磨了很久，又去查了一下，卡在環(huán)境變量配置
最后終于搞明白
?export PATH=/usr/local/bin/ParaAT2.0:$PATH?
?cd /usr/local/bin/ParaAT2.0
用winscp把序列信息傳到para2.0子目錄，輸入之后的代碼終于不是說(shuō)找不到command
ParaAT.pl -h homolog_names.txt -n CDS -a Protein.fasta -p proc -o output -f axt
只是提示沒(méi)有安裝比對(duì)工具，今天太晚，明天繼續(xù)
Checking multiple sequence aligner: clustalw2[NA] t_coffee[NA] mafft[NA] muscle[NA]
