深度（depth）與覆蓋度（coverage）

假想實(shí)驗(yàn)

對(duì)長(zhǎng)100bp的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲測(cè)序：采用單端測(cè)序，每個(gè)read長(zhǎng)5bp；總共得到了200個(gè)reads；把所有的reads比對(duì)到目標(biāo)區(qū)域后，100bp的目標(biāo)區(qū)域中有98bp的位置至少有1個(gè)read覆蓋到，換言之，剩余的2bp沒有1個(gè)read覆蓋。

深度

200 x 5 / 100 = 10

我們說這此測(cè)序的深度為10X。

覆蓋度

98 / 100 × 100% = 98%

我們說這次測(cè)序的覆蓋度為98%

使用genomecov：

ref： genomecov — bedtools 2.27.0 documentation

'''
samtools view -b xxx.bam | genomeCoverageBed -ibam stdin -g hg18.genome -bga > cov.bedgraph
'''
hg19:hg19.chrom.sizes

mm10:mm10.chrom.sizes

或者samtools查看bam：
'''
samtools view -H xxx.bam

-bg Reporting genome coverage in BEDGRAPH format

-bga Reporting genome coverage for all positions in BEDGRAPH format
'''

image.png

使用samtools的depth：

samtools depth xxx.bam -a > xxx.bam.depth

image.png

結(jié)果： 一共得到3列以指標(biāo)分隔符分隔的數(shù)據(jù)，第一列為染色體名稱，第二列為位點(diǎn)，第三列為覆蓋深度。