比對結(jié)束后，需要了解比對結(jié)果的情況，可以采用samtools flagstat進(jìn)行統(tǒng)計
samtools flagstat統(tǒng)計bam文件比對后每一個參數(shù)的解釋如下：
14608455 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) ## reads總數(shù)
37967 + 0 secondary ##出現(xiàn)比對到參考基因組多個位置的reads數(shù)
0 + 0 supplementary ##可能存在嵌合的reads數(shù)
0 + 0 duplicates ##重復(fù)的reads數(shù)
14590894 + 0 mapped (99.88% : N/A) ##比對到參考基因組上的reads數(shù)
14570488 + 0 paired in sequencing ##屬于PE read的reads總數(shù)。
7285244 + 0 read1 ##PE read中Read 1 的reads 總數(shù)。
7285244 + 0 read2 ##PE read中Read 2 的reads 總數(shù)。
14507068 + 0 properly paired (99.56% : N/A) ##完美比對的reads總數(shù)。PE兩端reads比對到同一條序列，且根據(jù)比對結(jié)果推斷的插入片段大小符合設(shè)置的閾值。
14551500 + 0 with itself and mate mapped ##PE兩端reads都比對上參考序列的reads總數(shù)。
1427 + 0 singletons (0.01% : N/A) ##PE兩端reads，其中一端比上，另一端沒比上的reads總數(shù)。
26260 + 0 with mate mapped to a different chr ##PE read中，兩端分別比對到兩條不同的序列的reads總數(shù)。
17346 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5) ##PE read中，兩端分別比對到兩條不同的序列，且mapQ>=5的reads總數(shù)。
如果有些結(jié)果全部為0，可以檢查一下是否對這些參數(shù)進(jìn)行標(biāo)記。比如標(biāo)記重復(fù)MarkDuplicates。
