JCO Precision Oncology |RNA測序?qū)崿F(xiàn)癌癥的基因融合檢測

原創(chuàng)?圖靈基因?圖靈基因?

收錄于話題#前沿分子生物學(xué)技術(shù)383個(gè)

近20%的癌癥和轉(zhuǎn)移是由基因融合導(dǎo)致的——染色體重排導(dǎo)致嵌合轉(zhuǎn)錄。這使得基因融合檢測對于準(zhǔn)確診斷、預(yù)后和治療至關(guān)重要。然而，目前的診斷方法，如RT-PCR（逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)）、FISH（熒光原位雜交）、核型分析和SNP（單核苷酸多態(tài)性）陣列，往往無法檢測基因融合。

荷蘭Máxima公主中心科學(xué)家的一項(xiàng)新研究表明，RNA測序可以克服傳統(tǒng)診斷方法在識別基因融合方面的局限性。研究人員對24個(gè)已知基因融合事件的樣本進(jìn)行了RNA測序，以驗(yàn)證他們的方法，然后除了常規(guī)診斷程序外，還對244名患者進(jìn)行了前瞻性RNA測序。

他們的研究結(jié)果發(fā)表在《JCO Precision Oncology》雜志上的一篇題為“Improved Gene Fusion Detection in Childhood Cancer Diagnostics Using RNA Sequencing”的文章中。該研究由NWO、KiKa和Adesium基金會(huì)資助。

“在前瞻性隊(duì)列研究的244例病例中，我們發(fā)現(xiàn)了83例與臨床相關(guān)的基因融合。”作者指出。這244例病例包括來自2018年底至2019年中期間被轉(zhuǎn)診到Máxima公主中心的疑似癌癥兒童的組織樣本。

研究人員通過常規(guī)診斷技術(shù)和RNA測序發(fā)現(xiàn)了60個(gè)融合，僅通過常規(guī)診斷就發(fā)現(xiàn)了一個(gè)融合。然而，RNA測序能夠檢測到常規(guī)診斷無法檢測到的24個(gè)融合，將診斷率提高了38%–39%。與大多數(shù)常規(guī)技術(shù)相比，RNA測序具有識別參與基因融合的兩個(gè)基因伙伴的額外優(yōu)勢。

“RNA測序以前已經(jīng)使用過，但僅限于病情嚴(yán)重且標(biāo)準(zhǔn)治療已經(jīng)不起作用的兒童。在我們位于Máxima公主中心的研究醫(yī)院中，我們已經(jīng)將RNA測序應(yīng)用到標(biāo)準(zhǔn)診斷中。我們的新研究表明，這種方法正在取得成效。”Máxima公主兒科腫瘤中心診斷實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人、該研究的共同負(fù)責(zé)人、醫(yī)學(xué)博士Bastiaan Tops說，“因?yàn)槲覀兛梢栽谠\斷時(shí)查看兒童腫瘤的完整遺傳圖譜，我們可以立即與兒童的醫(yī)生討論治療可能產(chǎn)生的后果。這意味著我們可以根據(jù)最新的科學(xué)見解為患有癌癥的兒童提供最好的機(jī)會(huì)?！?/p>

對于兩名患者，通過RNA測序發(fā)現(xiàn)的新融合導(dǎo)致醫(yī)生采用更有針對性的治療方案。在一個(gè)女孩的病例中，病理學(xué)家的診斷被修改為嬰兒纖維肉瘤，一種軟組織腫瘤，具有NTRK融合，導(dǎo)致她接受了一種新的靶向藥物，作為臨床試驗(yàn)的一部分。在另一個(gè)例子中，一名患有腦腫瘤的一歲男孩的診斷結(jié)果從膠質(zhì)母細(xì)胞瘤變成了半球膠質(zhì)瘤，這是一種預(yù)后較差的腫瘤。當(dāng)標(biāo)準(zhǔn)治療不起作用時(shí)，他得到了一種精準(zhǔn)藥物，使他又保持了一年的穩(wěn)定。

“在這項(xiàng)研究中，我們發(fā)現(xiàn)搜索整個(gè)腫瘤RNA的單一測試對兒童癌癥中的基因缺陷的敏感性幾乎提高了1.5倍?！毖芯啃〗M負(fù)責(zé)人、Máxima公主兒科腫瘤中心大數(shù)據(jù)核心負(fù)責(zé)人、該研究的合著者Patrick Kemmeren醫(yī)學(xué)博士說，“在我的小組中，我們對兒童癌癥中的DNA和RNA異常進(jìn)行了更廣泛的研究。如果我們發(fā)現(xiàn)新的異常，也可以立即將它們作為新診斷的一部分，甚至可以在已經(jīng)接受治療的兒童中進(jìn)行回顧性檢測。這樣，癌癥患兒就可以盡快從基礎(chǔ)研究的新發(fā)現(xiàn)中受益。”

作者預(yù)計(jì)，在可預(yù)見的未來，RNA測序?qū)⑷〈\斷癌癥相關(guān)基因異常的傳統(tǒng)方法。