近代日本實行特殊的“二元結(jié)構(gòu)”體制，對軍隊的統(tǒng)帥權(quán)直屬天皇，由陸軍參謀本部、海軍軍令部給予輔弼，內(nèi)閣無權(quán)干涉，這就使“政府機關(guān)與統(tǒng)帥機關(guān)始終處于對立平等地位，任何一方均不得凌駕于另一方”。在陸軍參謀本部、海軍軍令部這兩個軍令機關(guān)之外，內(nèi)閣中還設有陸軍省與海軍省，作為軍政機關(guān)。因此，在所謂的“軍部”中，又存在著陸、海軍系統(tǒng)各自的軍政與軍令“二元結(jié)構(gòu)”。
日本曾多次試圖在陸、海軍之上設立統(tǒng)一的指揮機構(gòu)，都未獲成功。陸、海軍在軍部內(nèi)的長期對立，使日本很難制定一致的對外戰(zhàn)略。
1936年，制定國策時，陸軍將蘇聯(lián)列為第一大敵，主張“北進”。在他們看來，“先應傾注所有兵力使蘇聯(lián)屈服”；戰(zhàn)勝蘇聯(lián)后，“再結(jié)集東亞與帝國之一切親善關(guān)系，進而達到把英、美勢力從東亞驅(qū)逐之目的”。在海軍的戰(zhàn)略中，則先要“南進”，驅(qū)逐英、美在東亞勢力，確立霸主地位后，再對付蘇聯(lián)。
以廣田弘毅為首的內(nèi)閣，無力在陸、海軍戰(zhàn)略中做出選擇，只能兼顧兩者。在最終確定的《帝國國防方針》中，美國與蘇聯(lián)被同時列為日本的首要敵人，實行“南北并進”戰(zhàn)略。即便如此，陸、海軍還為美、蘇，或是蘇、美的排序問題，爭論不休。由于在戰(zhàn)爭之初，日本并沒有一個明確的戰(zhàn)略規(guī)劃，以至在國際局勢變幻莫測時，窮于應付。
在全面侵華后，日本陸軍在1938年張鼓峰事件、1939年諾門坎戰(zhàn)役中與蘇軍兩次交手，全部歸于慘敗。這才使陸軍開始停止“北進”戰(zhàn)略，同意先行“南進”。但是1941年蘇德戰(zhàn)爭爆發(fā)，又讓陸軍內(nèi)一些人重燃“北進”夢想，要求與德國夾擊蘇聯(lián)。②最后通過重申御前會議上通過的《國策要綱》，才讓陸軍上下服膺“南進”國策。
即使是在太平洋戰(zhàn)爭中，陸、海軍對于“如何打”的問題，也還是爭論不休。如1942年，陸軍要求在太平洋正面戰(zhàn)場避免大規(guī)模進攻，準備應對美國可能發(fā)動的反攻；海軍則主張盡早尋機與美國決戰(zhàn)。又如，海軍要求進攻澳大利亞，陸軍則反對。以至日本無法制定一個實質(zhì)性的戰(zhàn)爭指導大綱，只能籠統(tǒng)地表示，“應繼續(xù)擴充既得的戰(zhàn)果，整備長期不敗之政戰(zhàn)態(tài)勢，相機采取積極的方策?！?/p>
在侵華問題上，日本陸軍與海軍意見也不一致。關(guān)東軍發(fā)動滿洲事變后，海軍持堅決地反對立場。直到1932年，上海發(fā)生日本僧侶被殺事件，駐在當?shù)氐娜毡竞＼娐暦Q：“陸軍必須保衛(wèi)我們在滿洲的權(quán)益。上海沒有陸軍，所以海軍在上海就必須負起同樣的任務。”海軍一向嫉妒陸軍在滿洲的風光，現(xiàn)在終于等到了大顯身手的機會，表示：“陸戰(zhàn)隊并非昔日之陸戰(zhàn)隊，有兩千人，有野炮和裝甲車，沒問題?！毖韵轮饩褪?，憑海軍的力量足以對付十九路軍，無需陸軍插手。
但是當戰(zhàn)斗真的發(fā)生時，海軍還是不得不求助于陸軍。海軍認為，上海是它的警備區(qū)，要求多少陸軍增援，要由它說得算；在陸軍看來，海軍這是對陸軍統(tǒng)帥權(quán)的侵犯，要派多少兵力去上海，必須陸軍自己決定。此時海軍有求于人，只好讓步，同意按陸軍要求，派遣第9師團到上海。接下來，當戰(zhàn)局需要繼續(xù)增兵時，關(guān)于登陸的地點、時間，海軍又同陸軍發(fā)生了嚴重分歧。
七七事變爆發(fā)后，裕仁天皇分別向陸軍參謀總長和海軍軍令部總長詢問解決方案。參謀本部的設想是，在華北增兵，占領河北、察哈爾，阻止中國軍隊北上；派一部分陸軍到上海、青島護僑；期待海軍發(fā)動大規(guī)模空襲；做好持久戰(zhàn)準備。軍令部則把戰(zhàn)爭重點放在上海，認為要先“確保上?！薄霸谏虾Ｗ鲬?zhàn)中迅速獲得重大戰(zhàn)果，以便在防止各國干涉……等方面取得重大成效”。
對于兩種方案，結(jié)果還是折中，一方面“在迅速使用武力獲得成果，力求盡早解決事變問題的方針指導下，以上海為重點，實施短期決戰(zhàn)；同時，以華北為重點，預計將進行一場長期的持久戰(zhàn)”。這等于是讓陸、海軍各干各的，無法統(tǒng)一協(xié)作。
日本陸、海軍分立的問題，一直到戰(zhàn)爭結(jié)束都未能解決。1945年3月，裕仁天皇表示對這一問題的關(guān)注后，陸軍多次提議與海軍磋商，但海軍不給任何商量的余地。以至除了在密蘇里艦、南京和新加坡外，日軍在其他各地的投降書上，都同時簽著陸、海軍將領的名字。
由此可以想見，對于日軍來說，統(tǒng)一陸、海軍行動，有多么困難了。這種對立，讓日本在整個戰(zhàn)爭期間都無法制定長期戰(zhàn)略，時常陷于被動。
