不用編程也可以做GSEA

GSEA的原理可參考：https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130

下載GSEA軟件

根據(jù)自己電腦內(nèi)存大小下載適合的版本：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù)
輸入數(shù)據(jù)如果是RNAseq的話，需要準(zhǔn)備基因的表達(dá)矩陣和表型數(shù)據(jù)。格式如下面的例子所示：
Example Datasets(http://software.broadinstitute.org/gsea/datasets.jsp)
以P53突變樣本為例：

下載P53的表型數(shù)據(jù)(cls文件）和基因表達(dá)數(shù)據(jù)（gct文件）
GSEA軟件其他需要的數(shù)據(jù)格式可參考：GSEA軟件支持的數(shù)據(jù)格式
P53.cls #表型文件,定義了表達(dá)文檔中樣品的表型標(biāo)簽，使用空格或tab隔開(kāi)；
P53_collapsed_symbols.gct #基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)
如果對(duì)下面數(shù)據(jù)格式有困惑的話，可以參考https://www.plob.org/article/12007.html

為了看起來(lái)整齊一些用excel打開(kāi)表達(dá)矩陣大概是這個(gè)樣子的數(shù)據(jù)：

如果基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)不是用gct格式而是使用txt格式的話，去掉前兩行即可，即文件第一行為NAME,DESCRIPTION,sample1，sample2...
接下來(lái)是表型數(shù)據(jù)：


將數(shù)據(jù)導(dǎo)入GSEA
有三種方式可以導(dǎo)入，這里我們直接用第三種將文件拖進(jìn)來(lái)即可，只有顯示There were NO errors 才算成功。

導(dǎo)入數(shù)據(jù)之后，設(shè)置相應(yīng)的文件，Gene sets database可以按照自己想看的通路選擇合適的，并點(diǎn)擊run：



Error:分析出錯(cuò)，點(diǎn)擊Error，查看出錯(cuò)詳情；
Success:分析成功，點(diǎn)擊Success，可以查看網(wǎng)頁(yè)報(bào)告；



參考：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html
https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/10258644.html

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