m6A甲基化是目前研究的一個(gè)熱點(diǎn)，前面給大家介紹過(guò)?m6A甲基化數(shù)據(jù)分析流程。我們知道m(xù)6A甲基化需要三類不同的基因來(lái)參與。 腺嘌呤（A）可以被編碼器（Writer）METTL3、METTL14和WTAP及其他組分組成的甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體甲基化，甲基化的腺嘌呤可以被讀碼器（Reader, 目前發(fā)現(xiàn)m6A讀碼器主要有五個(gè)，定位于細(xì)胞核內(nèi)的YTHDC1以及定位在細(xì)胞質(zhì)中的YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3、YTHDC2）所識(shí)別，同時(shí)m6A可以被擦除器（Eraser ）FTO和ALKBH5這兩個(gè)去甲基化酶催化去甲基化。
m6A甲基化也參與到各種腫瘤的發(fā)生和發(fā)展的過(guò)程中，因此在腫瘤中我們一般也可以看到與m6A甲基化相關(guān)的基因表達(dá)失調(diào)。今天我們就來(lái)展示一下與m6A甲基化相關(guān)的基因在腫瘤樣本和癌旁正常對(duì)照組織中的表達(dá)情況，并顯示t檢驗(yàn)的p值是否顯著。
我們先來(lái)看下得到的結(jié)果是怎么樣的。下圖展示的是16個(gè)與m6A甲基化相關(guān)的基因，在膽管癌（TCGA-CHOL）的腫瘤樣本和癌旁正常對(duì)照中的表達(dá)情況。
這里p值采用t檢驗(yàn)計(jì)算，星號(hào)與p值之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系如下。具體轉(zhuǎn)換的方法前面也講到過(guò)?【R語(yǔ)言】P值轉(zhuǎn)換成***
ns（not significant）: p > 0.05,
*: p <= 0.05,
**: p <= 0.01,
***: p <= 0.001,
****: p <= 0.0001
下面我們來(lái)給大家捋一捋具體的思路
1.從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載特定腫瘤的RNAseq數(shù)據(jù)，合并得到表達(dá)矩陣
關(guān)于這一部分前面有詳細(xì)的視頻講解
2.搜集m6A甲基化相關(guān)的基因，根據(jù)需要做基因的ID轉(zhuǎn)換
這里我已經(jīng)幫大家從一些相關(guān)的研究中搜集了m6A甲基化相關(guān)的16個(gè)基因，當(dāng)然大家也可以根據(jù)自己的需要增，刪相關(guān)基因。我們講的主要是方法，代碼都是一樣的跑，多幾個(gè)基因少幾個(gè)基因都無(wú)所謂。甚至你還可以換成其他的任何基因列表都是可以的。
"METTL3","METTL14","METTL16","WTAP","VIRMA","RBM15","ZC3H13","YTHDF1","YTHDF2","YTHDF3","YTHDC1","YTHDC2","HNRNPA2B1","HNRNPC","FTO","ALKBH5"
這里需要注意的是TCGA中g(shù)ene的ID一般是ensembl gene ID，而我們從paper中搜集的gene一般是gene名字，所以這里就需要做一個(gè)gene ID轉(zhuǎn)換。這個(gè)我在前面也講過(guò)
3.提取m6A基因相關(guān)的表達(dá)矩陣
這個(gè)其實(shí)就是R里面最常見的數(shù)據(jù)框取下標(biāo)操作了。這里所有分析都是基于R來(lái)做的，所以了解一些R的基礎(chǔ)知識(shí)還是很有必要的。
具體可以參考
m6A基因相關(guān)的表達(dá)矩陣如下
4.添加樣本的類型信息，如腫瘤，癌旁正常對(duì)照
前面也用視頻給大家詳細(xì)介紹過(guò)如何從TCGA數(shù)據(jù)下載臨床信息
?如何從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載RNAseq數(shù)據(jù)以及臨床信息(一)
5.繪制boxplot并做統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，將p值顯示在boxplot圖上
這里我們直接用ggboxplot繪圖，并做統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，顯示p值
完整代碼可以參考
對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)還不了解的小伙伴，我們也有相關(guān)的視頻課程詳細(xì)介紹TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘
?TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及數(shù)據(jù)挖掘
參考資料：
