最近有熱心網友反映,我們的在線繪制環(huán)形熱圖貌似有bug,于是后臺查了下代碼,經查,果然是bug,并及時向circlize R包大神進行了反饋。
請大家在使用微生信過程中,發(fā)現bug及時反饋,反饋有獎哦!
Bug說明:標注樣品名順序反了
Bug危害程度:影響全網所有使用circlize繪制環(huán)形熱圖的教程、在線工具以及已發(fā)表論文中帶有名字標注的圖片(如果沒有改代碼的話)
Bug詳細描述:
以官方頁面Chapter 6 The circos.heatmap() function | Circular Visualization in R (jokergoo.github.io)為例:
模擬數據為:

excel打開后,R85行數值為:

其中C10最大,C2,C3,C4為最小的3個。
在頁面fig 6.7右側圖中,R85的情況為(下圖左側):

從外到內的順序是C1-C10(其中C2、C3、C4最低為藍色,C10最大為紅色),左側這張圖沒問題,數值對應得上。然而,在頁面fig 22中(上圖右圖),R85的樣品標注C1最大為紅色,C7、C8、C9最小為藍色。
對比左右兩張圖,發(fā)現:右側樣品名順序反了。
經過連夜修改代碼,bug修復版在線環(huán)形熱圖繪制重新上線!
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熱圖是我們論文中非常常見的一款圖,使用顏色的深淺來代表數值的大小,直觀且優(yōu)美,深受人們的喜愛,一般我們使用的熱圖是矩形形式,circlize R包大神給我們帶來了環(huán)形熱圖,讓人耳目一新,微生信后臺利用該包繪制環(huán)形熱圖。
1,打開繪圖頁面
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_circular_cluster_heatmap_plot_070

2,拷貝示例數據

行為基因,列為樣品名。數值表示基因表達量。
3,拷貝并粘貼示例數據

4,修改參數,并提交

圖片大小、顏色、字體大小等都可以個性化定制,以滿足不同的繪圖需求。
5,提交出圖

圖中gene6的A組大于B組,且A-2最大,B-1最小,與數據保持一致,bug得到了修復。
沒有預覽就是沒有出圖,這時請參考示例數據,檢查輸入數據格式!
遇到文字截斷,需要修改字體、調整字體大小等,使用inkscape軟件進行操作。