Pacbio測序(一)

Pabio主要發(fā)布三個測序儀,RSII實體比較大,Sequel平臺在節(jié)約了大量的光學(xué)檢測部件的空間以后,原來外置的數(shù)據(jù)處理器Blade Center與主機(jī)合二為一,內(nèi)置于下部空間,成為一個整體,其體積減小至只有原來的1/3。相對于Illumina Hiseq的體積也小11%。重量也從過去的一噸多到現(xiàn)在的不足400kg。
相比之下,Illumina或者Ion Torrent測的都是一簇分子。Sequel平臺利用單分子實時測序技術(shù),又稱作SMRT(Single Molecule Real-Time)測序,其實是基于ZMW孔(零模波導(dǎo)孔,Zero-Mode Waveguides)的單分子讀取技術(shù),sequel無需擴(kuò)增,可以可快速完成序列讀取。


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pacbio sequel II升級后單個芯片數(shù)據(jù)通量是原來的8倍


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Pacbio文庫構(gòu)建的模板是啞鈴形狀,啞鈴形狀的文庫有一個好處,它整個分子實際上是一個圓環(huán)。在測序的過程中它可以周而復(fù)始地進(jìn)行測序,這不僅有利于發(fā)揮PacBio的長讀長的優(yōu)勢,同時有利于多個pass矯正隨機(jī)錯誤率。


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pacbio建庫流程如下:


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pacbio測序原理
測序的核心部件:ZMW孔:即零模波導(dǎo)孔(Zero-Mode Waveguides),合成反應(yīng)在ZMW中進(jìn)行,sequel每個SMRT Cell上約有100萬個ZMW(Sequel II 800萬)。
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DNA鏈鉚釘在即零模波導(dǎo)孔底部,和模板互補(bǔ)的dNTP被聚合酶抓住,短暫的結(jié)合,被激光照射,發(fā)出熒光,熒光轉(zhuǎn)化為堿基信號;鏈繼續(xù)延伸,結(jié)合的dNTP的熒光基團(tuán)脫落,完成了一個小循環(huán),反應(yīng)反復(fù)進(jìn)行。

pacbio測序的應(yīng)用范圍:
(1)全基因組de novo測序
(2)全長轉(zhuǎn)錄本測序
(3)宏基因組測序
(4)結(jié)構(gòu)變異檢測
(5)表觀遺傳學(xué)
(6)目標(biāo)區(qū)域測序

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