Job dekker曾說 一切皆沒有意義，除了在三維結(jié)構(gòu)的前提下。那么對(duì)于三維基因組學(xué)多組學(xué)聯(lián)合分析而言，我們也有一套以三維基因組學(xué)的中心法則。

首先，通過全基因組的層面上比較兩個(gè)或多個(gè)樣本上的整體差異，比如在正常細(xì)胞系中，我們可以看到全基因組交互熱圖很干凈而在癌癥細(xì)胞系中有很多“臟”的點(diǎn)（染色體之間有很多異常的交互區(qū)域）

在最新的泛癌研究中《Disruption of chromatin folding domains by somatic genomic rearrangements in human cancer》，發(fā)現(xiàn)這些比較臟的點(diǎn)主要是由于一維結(jié)構(gòu)的變異導(dǎo)致的，如下圖：

那么，如果我們做醫(yī)學(xué)方面的研究的話，我們?nèi)绾潍@取這些異常的交互呢？在2018年的文章中《?Integrative detection and analysis of structural variation in cancer genomes》提出了鑒定的方法hicbreakfinder。

在我們得到這些異常交互的區(qū)域之后呢，我們可以結(jié)合WGS數(shù)據(jù)或者三代的數(shù)據(jù)，從一維結(jié)構(gòu)進(jìn)一步進(jìn)行驗(yàn)證分析。從ecDNA的角度出發(fā)呢，我們可以通過二代鑒定ecDNA，看這些translocation區(qū)域有沒有可能是由于ecDNA導(dǎo)致的。

全局以及局部鑒定完成，就到達(dá)我們?nèi)髮哟谓Y(jié)構(gòu)的研究。首先是ABcompartment 。如果是分化方向的課題呢，我們會(huì)關(guān)注ABcompartment隨著分化的進(jìn)行是不是越來越清晰，每個(gè)時(shí)期獨(dú)有的compartment 都富集了哪些基因，不同時(shí)期compartment的修飾有何變化 ? ? ? ?.... ? ?此外，如果是醫(yī)學(xué)方向，我們會(huì)關(guān)注相對(duì)于正常樣本，癌癥樣本的ABcompartment 有沒有發(fā)生轉(zhuǎn)換，發(fā)生轉(zhuǎn)換的區(qū)域都有哪些基因？有沒有核心的基因家族，有沒有富集到特定的通路中。

TAD的部分的話，同樣的，如果是分化方向，我們會(huì)關(guān)注TAD結(jié)構(gòu)是否隨著分化的進(jìn)行，結(jié)構(gòu)變得更加清晰，TAD signal是否變得更強(qiáng)。如果是醫(yī)學(xué)方向，我們則會(huì)關(guān)注，是不是TAD邊界發(fā)生了結(jié)構(gòu)性的變異？是否發(fā)生TAD 融合和分離的現(xiàn)象。

在loop層級(jí)的分析，可以利用WGS數(shù)據(jù)，看一下loop 的anchor有無發(fā)生一維結(jié)構(gòu)的變異。其次看一下loop anchor有沒有一些核心的基因。結(jié)合chip數(shù)據(jù)看一下這些核心的基因的調(diào)控關(guān)系到底是什么樣子的。