1. Hic數(shù)據(jù)mapping（Align Hi-C data to the assembly, remove PCR duplicates and filter out secondary and supplementary alignments）

bwa index asm.fa

bwa mem -5SP -t 28 asm.fa /path/to/read1_fq.gz /path/to/read2_fq.gz | samblaster | samtools view - -@ 14 -S -h -b -F 3340 -o HiC.bam

2.過濾比對結(jié)果（Filter the alignments with MAPQ 1 (mapping quality ≥ 1) and NM 3 (edit distance < 3)）

/path/to/HapHiC/utils/filter_bam HiC.bam 1 --nm 3 --threads 14 | samtools view - -b -@ 14 -o HiC.filtered.bam

過濾的不sort的bam結(jié)果（去除sort的命令為sort -n），可以直接作為haphic，allhic，yash的輸入。

參考：

https://github.com/zengxiaofei/HapHiC?tab=readme-ov-file#quick-start

http://www.itdecent.cn/p/620ddc8764ee

http://www.itdecent.cn/p/1a9f2da1dee （-q 40設置太高了，分型基因組建議1，mono基因組建議10）