1. 如果在沒有jdk12的conda下安裝snpeff，會(huì)報(bào)錯(cuò)
Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/snpeff/SnpEff has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 55.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 52.0
at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:756)
at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:468)
at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:74)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:369)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:363)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:362)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:418)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:352)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:351)
at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(LauncherHelper.java:495)
解決方法（針對(duì)非root用戶）
conda create -n java12
conda activate java12
conda install -c r r-rjava
java -version
openjdk version "11.0.9.1-internal" 2020-11-04
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.9.1-internal+0-adhoc..src)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.9.1-internal+0-adhoc..src, mixed mode)
##足夠能帶動(dòng)snpEff就行
conda install -y snpeff ##下載后啟動(dòng)snpEff
參考：http://www.itdecent.cn/p/3e3ebd397293
https://zhuanlan.zhihu.com/p/476561285
2.構(gòu)建自有物種數(shù)據(jù)庫
因?yàn)槲沂且獜念^構(gòu)建注釋基因集，所以它自帶的數(shù)據(jù)庫對(duì)我就沒有什么用
而第一步便是要找到snpEff.config這個(gè)文件進(jìn)行添加
這個(gè)文件在哪呢？
我的是在下面這個(gè)這個(gè)文件，如果你使用conda安裝的，基本就是在minicondas下面pkgs里面的snpeff開頭的文件夾里面，然后依次往下找就是了
cd /home/wangshuangyi/miniconda2/pkgs/snpeff-5.1-hdfd78af_2/share/snpeff-5.1-2
#該目錄下存在：
scripts snpEff snpEff.config snpEff.jar
假設(shè)我要構(gòu)建的基因組叫Amur_ide
(1) 追加一行文件內(nèi)容到snpEff.config
echo "Amur_ide.genome: Amur_ide" >> snpEff.config
(2) 在含有snpEff.config那個(gè)地方，創(chuàng)建個(gè)文件夾data, 然后在data里面又創(chuàng)建兩個(gè)文件夾Amur_ide，genomes
Amur_ide/ genomes/
Amur_ide/中包括了genes.gff3 cds.fa protein.fa ##無論原名是啥都改為這個(gè)
genomes/中包括了基因組文件 Amur_ide.fa ##無論原名是啥都改為這個(gè)。
(3) 在含有snpEff.config那個(gè)地方,執(zhí)行命令構(gòu)建數(shù)據(jù)庫
./snpEff build -gff3 -v Amur_ide
# -c , -config : Specify config file
# -v , -verbose : Verbose mode (詳細(xì)模式)
(4) 注釋
在注釋之前，檢查vcf變異文件，應(yīng)去除##注釋信息，開頭應(yīng)為：
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT
java -Xmx4g -jar ../snpEff.jar ann Amur_ide -o vcf -v ./alk_fw_pass_merged_filter.vcf -csvStats 1.csv -stats 1.html > selected.ann.vcf
##-Xmx：堆內(nèi)存的最?值，默認(rèn)值是物理內(nèi)存的1/4（且?于1G），如默認(rèn)情況下當(dāng)堆中可?內(nèi)存?于70%時(shí)，堆內(nèi)存會(huì)開始減少，?直減?到-Xms的??
# -csvStats <file> : Create CSV summary file.
#-s , -stats, -htmlStats: Create HTML summary file. Default is 'snpEff_summary.html'
#-o <format> : Ouput format [ vcf, gatk, bed, bedAnn ]. Default: VCF.
#-formatEff: Use 'EFF' field compatible with older versions (instead of 'ANN'). (使用與舊版本兼容的'EFF'字段(而不是'ANN')。)
