首先放出參考鏈接：
我們在畫熱圖的時候，有時候會遇到想調整熱圖中單元格子的尺寸的情況。并且希望可以動態(tài)的設置，也就是不管是多少數據，格子都可以隨著圖片大小縮放。
Complexheatmap中的Heatmap()函數，有一個width和height參數可以設置
Heatmap(mat, name = "mat",
width = ncol(mat)*unit(5, "mm"),
height = nrow(mat)*unit(5, "mm"))
而對應到pheatmap中就是cellwidth和cellheight，設置的就是cell的長和寬。
https://jokergoo.github.io/2020/05/06/translate-from-pheatmap-to-complexheatmap/
所以只需要在pheatmap中設置這兩個參數
library("ComplexHeatmap")
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Testlong", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("1230_", 1:20, sep = "")
ht <- pheatmap(test,
annotation_col = NA, # 列分組
cellwidth =20, cellheight=20,
annotation_row =NA, # 行分組
annotation_colors = ann_colors, # 指定樣本分組顏色， list格式
color = colorRampPalette(c("#0000FF", "#FFFCC8", "#FF0000"))(100), # 熱圖色卡顏色
border_color = NA, # cell有無邊框，或指定顏色
cluster_rows = TRUE, # 顯示行聚類
cluster_cols = TRUE, # 顯示列聚類
legend = TRUE, #是否顯示色標圖例
main = "jsd diversity distance", # 圖標題
display_numbers = FALSE, number_format = "%.1f", number_color="Black", fontsize_number=4, # cell中是否顯示數值；格式設置
angle_col = "45", # options (0, 45, 90, 270 and 315) # 調整列文字角度
annotation_legend = TRUE,
show_rownames = F
)
然后使用draw()得到繪制好的圖，根據ComplexHeatmap:::width(ht)和ComplexHeatmap:::height(ht)可以獲取此時圖的長和寬，注意這里包括所有的元素，包括圖例，樹狀圖等，所以如果需要調整參數一定要在計算圖尺寸之前全部設置好！可以直接使用如下函數來獲取尺寸。
calc_ht_size = function(ht, unit = "inch") {
pdf(NULL)
ht = draw(ht)
w = ComplexHeatmap:::width(ht)
w = convertX(w, unit, valueOnly = TRUE)
h = ComplexHeatmap:::height(ht)
h = convertY(h, unit, valueOnly = TRUE)
dev.off()
c(w, h)
}
不過要注意的一點是，這里是pdf/svg輸出，所以設置的單位是inch，如果是png，需要設置為pt。
使用方式如下：
size = calc_ht_size(ht)
width = size[1]
height = size[2]
pdf("heatmap.pdf", height = height , width =width)
print(ht)
dev.off()
可以畫出來很正方形的熱圖。
