前言

ASreml是評(píng)估遺產(chǎn)參數(shù)的先鋒軟件，但是其編程復(fù)雜，asreml-r相對(duì)簡(jiǎn)單，但還是要一定的編程基礎(chǔ)。

本篇介紹GenStat在動(dòng)物模型分析中的應(yīng)用

• 單性狀動(dòng)物模型
• 遺傳力計(jì)算
• 育種值估計(jì)
• 重復(fù)力估算

并用asreml的結(jié)果作為對(duì)比。

示例一：簡(jiǎn)單動(dòng)物模型

數(shù)據(jù)：harvey.csv

Calf為個(gè)體ID，Sire為父本，Dam為母本，Line為場(chǎng)，AgeofDam為年齡，Y1 ~ Y3為觀測(cè)值。

圖片.png

模型：
利用個(gè)體動(dòng)物模型，進(jìn)行育種值的分析，Line為固定因子，加性效應(yīng)為隨機(jī)因子。

構(gòu)建親緣關(guān)系矩陣：

紅框內(nèi)為導(dǎo)入的ID、Sire和Dam，缺失值默認(rèn)為0

分析模型：

分析結(jié)果：

ASreml的結(jié)果：

遺傳力：

育種值：GenStat和Asreml中的結(jié)果

示例二：系譜是非數(shù)字類型的

Data: hzdata.csv

注意：在GenStat中，識(shí)別ID、Sire和Dam的是level，所以如果有字符的話，需要手動(dòng)設(shè)置level，否則會(huì)報(bào)錯(cuò)。

設(shè)置的方法：
1，ID為1~640

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2，Sire設(shè)置為：1001 ~ 1008

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3， Dam設(shè)置為：10001 ~ 10008

圖片.png

模型：

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結(jié)果：

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注意，GenStat給出的是R的方差組分和加性方差的gamma值，因此加性方差組分= 0.886*0.0261 = 0.031
Asreml結(jié)果：

育種值：

圖片.png

示例三：添加固定因子和隨機(jī)因子

Data: gryphon.rda，gryphonped.rda，gryphonRM.rda

個(gè)體動(dòng)物模型：
表型數(shù)據(jù)：

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系譜數(shù)據(jù)：

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模型：

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模型： 簡(jiǎn)單模型

固定因子：截距
隨機(jī)因子：加性效應(yīng)

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結(jié)果：

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Asreml結(jié)果：

圖片.png

模型：添加固定因子

固定因子：截距+SEX
隨機(jī)因子：加性效應(yīng)

圖片.png

結(jié)果：

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Asreml結(jié)果：

model2<-asreml(fixed=BWT~ 1+SEX
               , random= ~ped(ANIMAL,var=T,init=1)
               , data=gryphon
               ,ginverse=list(ANIMAL=ainv)
               , na.method.X="omit", na.method.Y="omit")
summary(model2)$varcomp

圖片.png

模型： 添加隨機(jī)因子

固定因子：截距+SEX
隨機(jī)因子：加性效應(yīng) + MOTHER

圖片.png

圖片.png

model3<-asreml(fixed=BWT~ 1+SEX
               , random= ~ped(ANIMAL,var=T,init=1)+MOTHER
               , data=gryphon
               ,ginverse=list(ANIMAL=ainv)
               , na.method.X="omit", na.method.Y="omit")
summary(model3)$varcomp

圖片.png

示例四：加性效應(yīng)+永久環(huán)境效應(yīng)

Data: gryphonped.rda，gryphonRM.rda
數(shù)據(jù)：

圖片.png

系譜：

圖片.png

模型：

圖片.png

結(jié)果：

圖片.png

Asreml模型：

modely<-asreml(fixed=LAYDATE~ 1,
               , random= ~ped(ANIMAL,var=T,init=1)+ide(ANIMAL,var=T,init=1)
               , data=gryphonRM
               ,ginverse=list(ANIMAL=ainv)
               , na.method.X="omit", na.method.Y="omit")
summary(modely)$varcomp

圖片.png