環(huán)境配置筆記15-Rstudio-server升級(jí)R版本

起因

升級(jí)R版本的原因是GenomeInfoDb這個(gè)包里面人類基因組的問題，網(wǎng)上說(shuō)解決方法是將包升級(jí)到1.30可以解決問題，可1.30版本的GenomeInfoDb只有Bioconductor 3.14才有，而Bioconductor 3.14只有R4.1才有，因此被迫升級(jí)Rstudio-server的R版本

踩坑前須知：首先，不需要在官網(wǎng)上下載tar.gz安裝包然后手動(dòng)編譯安裝，手動(dòng)安裝會(huì)遇到非常非常多的問題。

以下為正確安裝方法

export R_VERSION=4.1.3
wget https://cdn.rstudio.com/r/centos-7/pkgs/R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm # 直接下載安裝包，下不動(dòng)就用迅雷下
sudo yum install R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm # 安裝，又快又不報(bào)錯(cuò)

安裝位置為

/opt/R/${R_VERSION}/bin/R

接下來(lái)在/usr/local/bin/下為這個(gè)R創(chuàng)建軟連接：

sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/R /usr/local/bin/R
sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript

為了確保Rstudio server能用到這個(gè)R，還需要確認(rèn)以下文件是否為：

sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf

rsession-which-r=/usr/local/bin/R
www-port=8787

rsession-which-r=后跟的是想要為Rstudio-server更改的R版本路徑，可以通過上一步修改軟連接的方式直接修改不同R版本而不用改這個(gè)路徑
注意，這里不能設(shè)置為conda安裝的R，因?yàn)閱?dòng)rstudio-server后會(huì)報(bào)錯(cuò)，原因不明

升級(jí)后所有的包都可以從原來(lái)的4.0遷移過來(lái)用

cd /local/txm/R/x86_64-pc-linux-gnu-library
cp -r 4.0/sf/ 4.1/

參考

https://docs.rstudio.com/resources/install-r/#specify-r-version
https://docs.rstudio.com/ide/server-pro/r-versions.html#overview-3

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