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GEO數(shù)據(jù)庫中的platform代表測序平臺或者芯片平臺，每一個platform用GPL開頭的編號唯一標識。對于一個platform而言，通常包含以下3種文件

1. soft

2. miniml

3. suppl

   
   

以GPL20814為例，鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL20814

soft和miniml都是表示該platform的基礎(chǔ)信息，比如GPL編號，上傳日期等，soft文件的部分內(nèi)容如下

^DATABASE = GeoMiame
!Database_name = Gene Expression Omnibus (GEO)
!Database_institute = NCBI NLM NIH
!Database_web_link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
!Database_email = geo@ncbi.nlm.nih.gov
^PLATFORM = GPL20814
!Platform_title = Human miRNA Array miRbase release 19
!Platform_geo_accession = GPL20814
!Platform_status = Public on Jun 12 2017
!Platform_submission_date = Aug 18 2015
!Platform_last_update_date = Jun 12 2017

在soft文件中，每種類別的信息以^開頭，常見的類別如下所示

1. DATABASE

2. PLATFORM

3. SAMPLE

4. SERIES

   
   

DATABASE代表GEO數(shù)據(jù)庫的基本信息，PLATFORM代表該平臺的基本信息，SAMPLE代表用該平臺得到的樣本信息，SERIES代表使用該平臺得到的一組樣本。

在每種類別中，!開頭代表一種類型的信息，常規(guī)格式為key = value, 比如

Platform_geo_accession = GPL20814

對于芯片平臺而言，還會提供探針和基因之間的對應(yīng)關(guān)系等信息，在對應(yīng)的網(wǎng)頁上，我們可以看到如下的表格

這部分內(nèi)容在soft文件中也是存在的，示意如下

!platform_table_begin
ID ? ?Reporter Name ? ?miRNA_ID ? ?SPOT_ID
272 ? ?hsa-miR-99b-5p ? ?MIMAT0000689 ? ?
271 ? ?hsa-miR-99b-3p ? ?MIMAT0004678 ? ?
270 ? ?hsa-miR-99a-5p ? ?MIMAT0000097 ? ?
269 ? ?hsa-miR-99a-3p ? ?MIMAT0004511 ? ?
268 ? ?hsa-miR-98-5p ? ?MIMAT0000096
...
!platform_table_end

采用配對的兩個!嘆號來表示數(shù)據(jù)的開始和結(jié)束，在中間存放對應(yīng)的表格數(shù)據(jù)。

miniml中的內(nèi)容和soft是一樣的，只是用XML格式來存儲上述信息，而supplement file則是由提交者自己上傳的一些補充文件，沒有明確的格式。

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