前面介紹了好幾個(gè)R包，有做振蕩檢測(cè)的Metacycle包，對(duì)周期限制的比較松，也有做cosinor分析的，限定周期為24小時(shí)。
下面解釋幾個(gè)網(wǎng)頁(yè)版的工具
1.BIO_CYCLE PORTAL
2.cosinor.online
3.Cosinor_Analysis_of_Rhythms
1.BIO_CYCLE
輸入文件必須是一個(gè)制表符分隔的文件（* .tsv），第一列為Gene ID，后跟每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的測(cè)量值，允許重復(fù)。下面的鏈接中提供了示例文件格式。BIO_CYCLE可以處理可變數(shù)量的重復(fù)，不均勻的時(shí)間點(diǎn)和缺失的重復(fù)（只要每一行每個(gè)時(shí)間點(diǎn)至少有一個(gè)值）。
提交結(jié)果文件直接Run就好，完成后下載，下載的結(jié)果文件有三個(gè)，直接看24小時(shí)那個(gè)就好
結(jié)果依次為基因名，p值，校正q值，周期，相位，振幅
它還提供了AVG_REPS_PERIODICITY，這是對(duì)重復(fù)的平均周期的度量。該值來(lái)自于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的輸出，并對(duì)其進(jìn)行均值評(píng)估。
它還給出了REPS_SCATTER，即重復(fù)的平均標(biāo)準(zhǔn)偏差除以信號(hào)的標(biāo)準(zhǔn)偏差。
如果只有一個(gè)復(fù)制，那么這個(gè)值總是0。
ps：現(xiàn)在網(wǎng)站好像有點(diǎn)問(wèn)題，無(wú)法直接在網(wǎng)頁(yè)上可視化
另外：網(wǎng)站也提供了本地化R包，下載下來(lái)解壓即可用，比網(wǎng)頁(yè)好的一點(diǎn)是可以自定義檢測(cè)周期，不像網(wǎng)站只有8,12,24三個(gè)周期可以選擇，缺點(diǎn)是非圖形化界面
使用方法：
Rscript BioCycle.R -i <input_file>
-o <output_dir>
-s <start of range of periods to search for, default: 20>
-e <end of range of periods to search for, default: 28>
輸入文件和前面一樣，示例：
Rscript BioCycle.R -i 1.tsv -o .
結(jié)果也和前面差不多，不再贅述
ps：Rscript使用前需先將其所在目錄添加到PATH環(huán)境變量中，在此不再贅述
2.cosinor.online
使用超級(jí)簡(jiǎn)單，網(wǎng)站說(shuō)的很明白，用來(lái)評(píng)估單個(gè)基因非常好使，示例和使用說(shuō)明見(jiàn)下圖：
示例結(jié)果如下：
3.Cosinor_Analysis_of_Rhythms
該網(wǎng)站有些毛病，時(shí)不時(shí)會(huì)斷開(kāi)連接，但有時(shí)點(diǎn)的過(guò)快也會(huì)斷開(kāi)，真是神奇，畢竟是個(gè)人搭建的，現(xiàn)在可能已經(jīng)不維護(hù)了
然后它可以對(duì)單個(gè)基因進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，也可以對(duì)單個(gè)基因不同分組做統(tǒng)計(jì)
使用方面，網(wǎng)站也說(shuō)的很清楚了
結(jié)果有好幾個(gè)部分：
第一部分：兩個(gè)檢驗(yàn)（一個(gè)是cosinor2::cosinor.poptests()的返回結(jié)果，一個(gè)是常規(guī)的t檢驗(yàn)，該t檢驗(yàn)沒(méi)有檢測(cè)方差齊性，默認(rèn)為非齊性）
第一個(gè)表p列：兩組基線，振幅，相位差異的p值
1st列：組別1的基線，振幅，相位均值
2nd列：組別2的基線，振幅，相位均值
第二個(gè)表：常規(guī)t檢驗(yàn)結(jié)果，不再描述
第二部分：繪圖部分及每組振蕩性檢測(cè)
上為圖，下為統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，只要看一個(gè)就好，圖中畫圖部分
吐槽：要我說(shuō)，這部分應(yīng)該放到前面，比較兩組振蕩曲線是否有差異，應(yīng)該先測(cè)試每組是否振蕩
第三部分：更詳細(xì)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)
第一個(gè)表為擬合的三條曲線值對(duì)應(yīng)值，
猜測(cè)其實(shí)際上是對(duì)每個(gè)樣本列都做了一次，因此每組產(chǎn)生了產(chǎn)生了三個(gè)值，但私以為沒(méi)有現(xiàn)實(shí)上的統(tǒng)計(jì)意義
第二個(gè)表為三個(gè)樣本列值合并起來(lái)后擬合所產(chǎn)生的置信區(qū)間表（有實(shí)際意義，提取自cosinor2::population.cosinor.lm()$conf.ints）
第三個(gè)圖不太清楚
總結(jié)：
1.希望檢測(cè)區(qū)間比較寬泛的，建議使用Metacycle和Biocycle R包（一個(gè)在cran上，一個(gè)在circadiomics上），但這兩個(gè)都不能做組間差異檢測(cè)，可以用來(lái)評(píng)估單組多基因，不喜歡R包的就使用網(wǎng)頁(yè)版的BIO_CYCLE PORTAL
2.希望做cosinor分析，尤其是單組單基因的，建議使用cosinor.online和Cosinor_Analysis_of_Rhythms，畢竟是網(wǎng)頁(yè)版的，點(diǎn)點(diǎn)就好，不喜歡網(wǎng)頁(yè)的話也可以使用season::cosinor（我評(píng)估過(guò)，和cosinor.online結(jié)果幾乎一模一樣）
3.希望做cosinor分析，但著重于單基因兩組間比較的，建議使用Cosinor_Analysis_of_Rhythms，統(tǒng)計(jì)資料非常齊全，但其實(shí)結(jié)果和cosinor2包的結(jié)果差不多，不喜歡網(wǎng)頁(yè)的話就用cosinor2包
4.希望做cosinor分析，但著重于多基因兩組間比較的，沒(méi)有網(wǎng)頁(yè)版的使用建議，建議使用cosinor和cosinor2包，然后自行提取和整理數(shù)據(jù)
ps：暫時(shí)就寫這么多，回頭想起什么再補(bǔ)，有問(wèn)題敬請(qǐng)各位批評(píng)指正！
